隆武帝与忠于他的大臣，在抗清上的布局，亦被清廷所察觉，时任清廷江西提督的金声恒，便十分畏惧，连忙上书多尔衮道：“奴才细观南明陈兵之势，俨然一常山之蛇，以浙东为首，江西为腹，湖南、广西、云贵为尾，敌畏惧江南满洲，故于东南取守势，而乘奴才江西兵力之单弱，意欲夺路而出，以震动江宁，再者何腾蛟与广东王彦相连，拥重兵于上游，若此二人携大军，以上攻下，夺武昌，下九江，则江西不保，东南半壁亦一鼓而复矣。奴才恳请皇父摄政王，发真满洲兵两万，与奴才合兵一处，由赣南直捣闽广，斩其腰腹，使敌首尾不能相顾，则钱塘可一苇而渡，而后合力平定云贵，一统之业岂不易易哉！”

明清双方都认识到江西在战略上的地位，但隆武帝却无法调动郑芝龙的军队进入江西，万元吉入赣之后，也因为清廷总督江南的大臣洪承畴抽调柯永胜、高进库等部进入江西同金声恒部协同作战，大军直压吉安，而疲于应对，根本没有能力迎隆武帝出闽。

福京城内，皇帝为赣南逐渐恶化的局势而忧心忡忡，几次训令下，郑芝龙不得不派永胜侯郑彩出衫关，援救江西明军，但郑彩到底衫关之后，却再次按兵不动，无论监军给事中张家玉怎样催促，他一概置之不理。

张家玉心中愤慨无比，只得上疏弹劾，隆武帝也只能无奈的再一次消去郑彩的爵位。

大学士黄道周对此不胜愤慨，随于首席大学士左懋第商议之后，决定由左懋第继续留在福京辅佐皇帝，而他则自告奋勇的请命督兵出福建，支援江西，并联络困于徽州大山之中的江天一部义军，设法为朝廷打开局面。

郑芝龙得知消息后，为朝中将少一个与他作对的老臣，而心中大喜，他唯恐黄道周改变主意，立马备好一月钱钱粮，但却不拨一名士卒支援。

黄道周随勉强奏够三千多名士卒，与兵部职方司主事赵士超，一起踏上征途。

临行前，隆武皇帝，手中无兵无粮，只能给黄道周一百多道空白的委任状，让其在沿途自行招募忠义之事，自筹军饷。

被王彦留在福京的王威，看见黄道周手下的兵将，大都是应募而来，缺乏作战经验，而黄道周本人也是个手无缚鸡之力的文臣，只是临时看了一些兵书，却从来没有指挥过军队的经验。

王威久在军中，又随王彦与清军交手，只道清兵的厉害，而黄道周手下的兵马，显然不可能战胜清军，于是他在送别黄道周的时候，向他建议，遣散队伍，只带少数精锐，由小路直接进入赣州，以大学士督师的名义，节制和调动湖广、西南等地的总督、巡抚、总兵，会师进取。

只是黄道周却舍不得手上的三千兵马，认为有总比没有好，便没有采纳王威的建议。

王威见此，心中无奈，只得从忠义营中调拨精兵五百，让为首的百户，千万护住阁老周全。

九月底，黄道周，出仙霞关，欲先救出被清军围困在徽州山中的江天一，但大军进入徽州后，却蒙头转向，直到江天一被清军逼得遁走宁国府，去太湖投陈子龙，他才弄清楚，他的军队与江天一部，不过一山之隔。

解救江天一的计划失败后，黄道周随带兵马转入江西，并一再写信策反清廷的江西提督金声恒，但被其置之不理。

十月初抵达广信，黄道周凭借个人威望，募得三个月兵粮，随分兵三路，向清兵发起进攻，一路向西攻抚州，另两路北上分攻婺源、休宁，但三路皆败。

不久后，清军宁国总兵胡茂祯，池州总兵于永绶，徽州总兵李仲兴、芜湖总兵卜从善，探听道黄道周在婺源县境明堂里下营，随分三路围攻，黄道周部下，损失数千人，余众星散，五百忠义营精兵，护着黄道周且战且逃，但清兵早有准备，三面围攻之下，五百士卒全部战死，黄道周被清军俘获。