钟繇劝李傕、郭汜说：“当今英雄并起，各自假托帝命辖治一方，只有曹兖州心里还想着王室，如果拒绝与朝廷往来，岂不怨恨将军？”

郭汜等人因为钟繇的这番话，这才优待使者，使曹操得以与献帝取得联系。

之前，曹操已多次听谋士荀彧称赞钟繇，又听说他劝说李傕、郭汜二人帮助自己的事，于是对他充满渴盼。

此后，李傕胁迫献帝，钟繇与尚书郎韩斌共同谋划献帝出逃。可以说，汉献帝逃出长安，成功东归，钟繇是起了一定作用的，被拜为御史中丞，迁侍中、尚书仆射，封东武亭侯。

马腾、韩遂诸将恃强居于关中。

曹操为此甚为忧虑，经荀彧推荐，命钟繇以侍中的身份领司隶校尉，持节督关中诸军，将后方事务委托给他，特别授予他不受制度拘束的权力。

钟繇到达长安后，致信马腾、韩遂等人，陈述利弊祸福，马腾、韩遂都送一子到朝廷为人质。

曹操在官渡与袁绍相持期间，钟繇送去两千匹马供给军用。

曹操在给钟繇的信中说：“得到送来的马匹，急应部队急需。关右地区平定，朝廷没有西顾之忧，都是足下的功勋，可与当年萧何镇守关中，粮草充足，以至大军获胜所建立功劳相提并论。”

南匈奴单于平阳作乱，钟繇率领各路人马前往围剿，未能攻下。

此时，袁尚任命的河东太守郭援抵达河东，人数众多。

诸将多有放弃离去的议论，钟繇说：“袁氏正在强盛之时，郭援乘势到来，关中诸将虽有暗中与其勾结者，却未敢公开反叛的原因，不过是顾忌我的威势名声罢了。假如放弃撤退，向其示弱，此处民众都会把我们当作仇敌。尚未开战先自行败退，岂不有失我军威严？况且郭援刚愎自用，争强好胜，必定轻视我军，如果渡汾河扎营，即可半渡击之，定能大获全胜。”

钟繇一边鼓舞士气，准备迎击；一边亲写书信派张既前往劝说马腾，请求出兵合击郭援。

马腾派长子马超率领万余人进入关中援助钟繇。

朝廷任命马超为司隶校尉督军从事，讨伐郭援、高干等。

郭援在率大军渡过汾河时，马超率领自己的军队在郭援渡河过一半的时候截杀。

作战过程中，马超脚部中箭受伤，但丝毫没有退缩，用布裹住伤口，身先士卒，勇往直前，大破敌军。

马超部将庞德将郭援斩杀，郭援本是钟繇外甥，钟繇见了郭援首级，难免悲伤哭泣。

庞德知道后，向钟繇跪拜谢罪：“在下实在不知，多有得罪。”

钟繇连忙将庞德扶起：“莫说不知，就是知道，此等国贼，亦当斩首，何罪之有？”

钟繇得马超援助击败了郭援，南匈奴单于呼厨泉投降，表奏马超之功。

曹操担任丞相时，曾想招揽马超入朝为官，但马超没有前去赴任。

讨伐郭援后曹操借汉献帝诏拜马超为徐州刺史，但马超依旧没去赴任，遂改封马超为谏议大夫。