商毅称帝之后，对众官员也进行过一次嘉奖和晋升，军队当然也不列外，五大军区的司令员中，成进、周少桓、李定国都巳是上将军衔，全都晋升为大将，而罗远斌和段鹏都还是中将，平定南方之名，按战功也都应该晋升一级，成为上将，加上商毅称帝的嘉奖，因此都连升了两级，也都成为大将。而其他各级军官也都各自晋升一级。

这样一来五大军区的司令部的其他成员都晋升为上将，各军级军官的军衔定为上将或中将，各师级军官的军衔为中将或少将，各旅级军官的军衔为中将或少将，团级军官准将或上校，营级军官上校或中校、连级军官少校或上尉、排级军官中尉或少尉。整个军队的军衔，也就基本这样确定下来。

而接下来是对各军区的调整，现在中华军分为五大军区，但这是按照过去，疆土范围収长江中下游一带地区为主分布的，而现在，由其是在南方地区，这样的分布方式，显然是不合理，需要重新划分了。而北方地区，也要预先准备。

当然现在重新划分军区，将是以全国的地区为基础，包括尚未纳入版图的新疆、西藏、青海、蒙古这些地区。因此商毅也参考了自己在穿越到这个时空之前的全国军区划份方式，针对这个时代的俱体情况，进行了重新的划分布置。

中华军仍然分为陆军部和海军部，在首都分别设立陆军总司令部，海军总司令部，最高长官称为总司令，统归统战部管辖。

陆军部共分为八个军区，毎个军区有二到四个军不等，军区最高长官称为军区司令官，而各军在各地驻守时，称为军分区，最高长官称为军分区司令员，俱体的分布和各自管辖的职责范围是：

一、广东军区。由现在的南京军区第十七、二十军组成，总部设在广州、军区司令官何冲。辖区：广西、广东、福建、台湾。付责南部沿海地区安全。

二、云南军区。由现在的江西军区全军组成，总部设在昆明、军区司令官罗远斌。辖区：云南、贵州。付责南部地区边境，防备越南、缅甸、老挝等诸国。

三、南京军区。由现在的南京军区第七、二十一、二十四军组成，总部设在南京、军区司令官段鹏。辖区：湖北、湖南、安徽、江西、江苏、浙江。付责长江中下游流域、以及出海口安全。

四、四川军区。由现在的湖广军区第六、十三、二十二军组成，总部设在成都、军区司令官李牟。辖区：四川、和未来的西藏。付责西南地区安全。

五、山东军区。总部设在济南，部队，军区司令官暂由现在的山东军组成。辖区：山东、河南。付责中东部地区，及沿海安全。

六、北京军区。总部设在北京、部队，军区司令官未定。辖区：北京、河北、山西、以及天津出海口，未来的蒙古。

七、东北军区。总部、部队、军区司令官未定。辖区：山海关以北的东北地区，及辽东半岛。

八、甘肃军区。总部、部队、军区司令官未定。辖区：陕西、甘肃、宁夏、未来的新疆、青海。

而等收重了新疆、西藏、青海、蒙古等地区之后，再适当斟情考虑，増加新的军区。

另外还在首都设立中央警卫军团，将从各军中抽调精锐士兵组成，编为两个步兵师，一个特种兵旅，一个骑兵旅，付责守卫首都，皇宫、政府各部安全。行政级别为军分区级别，目前暂时划归南京军区管辖，但是由皇帝直接调动，在必要的时候，也可以支援其他各军区的战斗。第一任中央警卫军团司令员由原来商毅的卫队长吴亮担任。原来商毅卫队中的黑人卫队也都全部划入中央警卫军团中。不过另一位卫队长，也是新帝国的洋国舅出使欧州，还没有回来，因此他的位职暂时保留。