他将新城命名为查士丁尼城，这样一来，使得许多塞浦路斯城镇荒废，塞浦路斯岛上的大批居民不愿离开故土家园，在迁徙中纷纷逃亡。

毕竟在大唐统治的塞浦路斯岛上，他们享受着和大唐百姓一样的权利，这份权利对他们来说是难能可贵的，岂能就这么白白的放弃。

可当时大唐因为李承乾染病，杜睿出征澳洲大陆，根本就无暇顾及塞浦路斯岛，镇守在波斯都护府的苏麟也不想过分激化和拜占庭帝国的矛盾，只能将这件事忍耐了下来。

查士丁尼二世的移民政策虽然是出于国家利益的考虑，却给这些地区的人民造成巨大的灾难，这使他丧失了民心，最重要的是计划了和大唐的矛盾，让他们急需的流动之火的货源都险些断了。

当叶齐德一世解决了侯赛因的叛乱，再次发动对拜占庭帝国的进攻之时，尽管查士丁尼二世御驾亲征，却仍一败涂地。斯拉夫军人集体叛变，投奔到阿拉伯方面，成为阿拉伯军队的重要力量，查士丁尼二世侥幸得以逃脱。

在宗教方面，他也采取了与罗马教皇对抗的政策，甚至下令派人到罗马城去拘捕教皇圣塞吉阿斯一世到君士但丁堡来受审，这一做法激怒了西方民族，罗马的民兵和拉温那的民众积极行动起来保护教皇，查士丁尼二世的特使无处藏身，只得跑到教皇宫中乞求饶命。

由于查上丁尼二世刚愎自用、暴躁易怒的性格，做了许多危害贵族和人民利益的事，使他自己四面树敌。而他身边的两位近臣斯蒂芬和塞奥多布斯更是为虎作伥、残忍贪婪，对于心怀不满的人一概采取无情的镇压态度，监牢里关满了各类“人犯”，其中也确有企图策划谋反的政治犯。曾经在征服亚美利亚战争中立下赫赫战功的莱昂提图斯也因“图谋不轨”的罪名，被关押了起来，他对查士丁尼恨之入骨，发誓要寻机报复。

后来由于军事上的需要，查士丁尼二世释放了莱昂提图斯，并重新起用他。这对莱昂提图斯来说是复仇的好机会。

莱昂提图斯在希腊军区起兵，打出造反的大旗，民众纷纷响应，大军攻下君士坦丁堡，迫使查士丁尼二世宣布退位。

菜昂提图斯下令把倒台的查士丁尼二世押到竞技场，当着千千万万民众的面，割掉了他的鼻子，施鼻刑是拜占廷常用刑罚，查士丁尼二世的父亲君士坦丁四世就曾割掉他两位企图夺权的弟弟的鼻子。在权力斗争中，被割掉鼻子是象征失败者的屈辱。然后，查士丁尼二世被发配到黑海北岸一座不知名的小岛上。

但是，莱昂提图斯治理国家也不在行，他当了3个月的皇帝之后，就被军人推翻，而且同样被割掉了鼻子，打入修道院，这次登上王位的是提庇留二世。

流放中的查士丁尼二世由此又看见了希望。半年来，他从没有承认自己的失败，内心充满复仇的火焰。他凶狠、残忍，同时也是个顽强的人，他开始策划逃离那座小岛。

看押他的官员查觉到查士丁尼二世的骚动不安，决定把他送回君士坦丁堡关押，以防不测。可是他们行动晚了一步，查士丁尼在他们行动之前一天逃脱了。

他逃到卡扎尔汗的辖地，受到热情的接待。卡扎尔汗还将自己的妹妹许配给他。这位公主接受基督教洗礼后，查士丁尼二世仿效他的祖先查士丁尼一世，也将他的妻子改名为提奥多拉。

查士丁尼二世的出逃，引起提庇留二世的恐慌和忧虑，他派了特使去见卡扎尔汗，要求把查士丁尼押送回君士坦丁堡。

卡扎尔汗显得犹豫不决，他没想到消息这么快就泄露出去。查士丁尼二世是否有能力东山再起，这件事看来希望不大。如果拒绝君士坦丁堡方面的要求，必将影响两国的关系。最后，卡扎尔汗表示同意将查士丁尼引渡回国。

查士丁尼二世得到这一消息，不由大吃一惊。他来不及跟他新婚的妻子告别，就独个儿骑上一匹快马，飞快地逃离卡扎尔。