祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务。

主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务。

精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。

四司之外，设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。

其四为兵部主兵籍、器仗。源于三国魏五兵制，两汉尚书职务本不涉军事。曹魏始置五兵尚书，另有关军事的驾部、车部、库部等曹，各曹设郎，驾部有时亦设尚书。

隋始合为兵部，以尚书为主官，侍郎为次官，历代沿袭，职权则不尽相同。在杜睿主持贞观变法之后，只管武职选授、处分及兵籍、军械、关禁、驿站等事，不涉兵权。

兵部一般设有尚书一人，为刘仁轨，侍郎二人，为杜睿门生薛宪，冯旭。其属有四：一曰兵部，二曰职方，三曰驾部，四曰库部。兵部主事四人，职方主事二人，驾部主事二人，库部主事二人。兵部令史三十人，书令史六十人，制书令史十三人，甲库令史十二人，亭长八人，掌固十二人；职方令史四人，书令史九人，掌固四人；驾部令史十人，书令史二十四人，掌固四人；库部令史七人，书令史十五人，掌固四人。

其五为刑部，理刑狱辞讼。东汉尚书置二千石曹掌刑狱，三公曹掌决案。魏、晋以后，尚书之三公、比部、都官等曹均关刑狱，南朝之宋、梁、陈、北朝之北齐，均设都官尚书。隋文帝定六部制度，初沿北齐置都官，开皇三年改称刑部。

刑部掌法律刑狱，与最高法院性质的大理寺并列，职掌审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑案件，以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。

设有尚书一人，为杜睿门生杜养盛，侍郎两人，为杜睿门生杜养学，崔正道。其属有四：一曰刑部，二曰都官，三曰比部，四曰司门。

刑部郎中、员外郎，掌律法，按覆大理及天下奏谳，为尚书、侍郎之贰。凡刑法之书有四：一曰律，二曰令，三曰格，四曰式。凡鞫大狱，以尚书侍郎与御史中丞、大理寺正卿为三司使。凡国有大赦，集囚徒于阙下以听。

刑部主事四人，都官主事二人，比部主事四人，司门主事二人。令史十九人，书令史三十八人，亭长六人，掌固十人；都官令史九人，书令史十二人，掌固四人；比部令史十四人，书令史二十七人，计史一人，掌固四人；司门令史六人，书令史十三人，掌固四人。

其六为工部，掌工程建设。工部起源于周代官制中的冬官，汉成帝置尚书五人，其三曰民曹。后汉以民曹兼主缮修、功作、盐池、园苑之事。西晋以后置田曹掌屯田，又有起部掌工程，水部掌航政及水利。后周依《周官》，置冬官府，长官为大司空。隋代开皇二年始设立工部，掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等政令，与吏、户、礼、兵、刑并称六部。

设有尚书一人，为杜睿门生张言硕，侍郎两人，为杜睿门生杜承学，及许州鄢陵人崔知温。其属有四：一曰工部，二曰屯田，三曰虞部，四曰水部。

工部、屯田、虞部、水部郎中各一人，员外郎各一人，工部郎中、员外郎掌经营兴造之众务，凡城池之修浚，土木之缮葺，工匠之程式，咸经度之。

屯田郎中、员外郎掌天下屯田之政令。

虞部郎中、员外郎掌天下虞衡、山泽之事，而辨其时禁。