成化四年，日本使团成员在北京杀人，成化帝仍拒绝了官员的逮捕凶手要求，只勒令日方赔偿白银十两，以显示天朝上国的宽宏大量。

弘治九年，日本使团成员又在济宁持刀杀人，明朝的处理办法是将其上京人数削减到五十人。

在此期间，日本使团还经常以漫天要价、以次充好等伎俩试图占尽明朝的便宜，有时还以“失我国主之心”公开勒索、恫吓。

就性质而言，这一时期的日本使团入贡动机完全是为了牟取暴利，而且不同的藩都力图涉足，终于导致了宁波争贡的恶性事件的发生。

嘉靖二年，宁波争贡事件之后，给事中张翀上疏称日本“窥伺中土，得间则张其戎器，以劫杀为事；不得间则陈其方物，以朝贡为辞。劫杀则利民财，朝贡则利国赐，兼有得不得，而利无不在，此倭奴之大情也。”

应该说，张翀这里所说的正是日本所谓“朝贡”的真实面貌，并且也指出了日本自隋唐以来始终秉持的对华政策基本特点，那就是“不以实对”兼“叛服不常”，特点背后的原则则是利用中方的弱点尽各种手段攫取利益。遗憾的是，张翀尽管看破了日本的假面，他提出的解决办法也不过是“绝约闭关，永断其朝贡之途”。

像张翀这样的官员应算作明眼人，可无疑人寥声微。明朝对日本的形势仍旧没有求知的兴趣，但张翀所说的日本“窥伺中土”野心很快变成了现实。

万历援朝战争是中日再一次交手，而明廷对日本的无知完全曝光了。兵部尚书石星不知两国的既往关系，也不清楚“关白”为何物，竟然幻想日本兴师侵略是为了获得中国册封。最贻笑天下的是，石星起用吹牛曾游历日本，认识丰臣秀吉的江湖骗子沈惟敬，结果此人“支吾中国，奉承日本”，闹出了自购珍玩假冒丰臣秀吉致明廷国礼的丑剧。堂堂大明帝国，以口若悬河的骗子从事外交折冲，堪称奇耻。

万历年间，明帝国实力已衰，“三大征”虽然都艰难获胜，但消耗国力糜巨。在挫败日军侵朝之后，明朝认为日本“图逞之志未尝一日忘”，“与其过而信之，不如过而防之”。然而，明朝没有穷追猛打，犁庭扫穴的雄心，一方面是援朝战争“费饷六七百万”，负担沉重，另一方面，最主要的是这种进攻性战略根本不符中华帝国的性格。明帝国此际对日本的态度不过是通过使者带话：“传与家康，务要专心学好，不可阳与朝鲜讲和，阴怀异图”，天朝有水陆劲卒百余万，“以待你国动静”。

这般言语警告的作用当然是有限的，因为日本当时对华政策的追求已经不再是简单的文化学习或经济获利，它开始试图挑战以大明为核心的东亚政治体系，挑战中国主导的华夷秩序。

万历四十年，浙江总兵杨崇业上报，日本“以三千人入琉球，执中山王，迁其宗器”。琉球与朝鲜一样，同是中国华夷秩序下的藩属，日本的侵略朝鲜、琉球显然是欲去中国而代之。

可是，中方的反应也仅仅是停留在“倭不可不备”的口头表达层面上。究其原因，明朝高层应当未曾认识到日本的真正战略理想，而仅仅把它当作了华夷秩序中一个不时犯混、不太听话的边缘性角色或“不完全成员”，对它的处理仍要以羁縻为主，以防备为辅；如果大张旗鼓地讨伐之，一来跨海远征浪费人力财力，未必能得到什么现实收获，一旦失败还颜面扫地；二来违背中国“以德服人”的对外政策传统指导准则，显得“堂堂天朝”黩武狭隘。

这就是为什么杜睿讨厌孔孟之道的原因了，一味的空谈，幻想，换来的不是万世太平，而是养虎为患。

中国人是喜欢幻想的，就像从一开始，中国的政权就一厢情愿，单方面地把日本纳入了自我为中心的册封与朝贡体系，这种立场是“单方面的”，与朝鲜、琉球等国家心甘情愿受大唐的庇护不同，日本并未心甘情愿地将自己定位于这个体系，相反，它吸收中国的“夷夏”观念后，反而试图建立一个以日本为核心的国际体系。

当然，为了避免和强盛期的中国发生直接冲突，在那些时段，日本一般会采取虚与委蛇的两面策略，政治上满足中方的“面子”，捞取现实的经济、文化利益。

于是这才有了明朝的时候，羽翼渐丰的日本实质上已经初现在东亚欲与中国分庭抗礼的积极作为，丰臣秀吉在《答朝鲜国王书》中更提出要“直入于明，使其四百州尽化我俗，以施王政于亿万斯年”，但明帝国出于种种原因，对此保持了一贯的懵然和无视。