8月27日，论功行赏，奖赏战功人员。

9月初旬，大海人皇子由不破宫启程，经由桑名、铃鹿、阿闭、名张，12日，抵达大和，9月15日，移居冈本宫。

此后大海人皇子于飞鸟净御原宫即位，称天武天皇。

天武天皇登基之后，也有过一番作为，首先便是改革官僚机构，畿内出身者供职宫中者首先作大舍人，之后再根据其才能酌情授与官职，同时这个大舍人的资格不仅属于官吏，也向庶民开放。

天武天皇一直实行皇族专权的皇亲政治，没有置大臣之职。与此相对的，在行政机构方面也设立太政官和大弁官并立，授与上层官僚贵族无实权的“纳言”一职，天皇的命令主要通过大弁官向地方传达。

还有，天武天皇统治期间，彻底的实行皇亲政治，天武天皇即位伊始，集众书生于川原寺，修纂经文，于次年任命大来皇女为伊势斋王，恢复斋王制。从天武朝开始有新尝祭和大尝祭的区别，这些都保持到了现在。同时营造高市大寺，建造药师寺，以承父亲舒明天皇之遗愿。

除了修建飞鸟净御原宫之外，天武天皇在难波也建造了宫殿。这个难波的宫殿是仿效大唐等国的复都制所建的陪都。藤原京的建造也是开始于天武天皇时代。

天武天皇四年，天武天皇宣布废除氏上民部、家部之制。凡亲王以下诸臣、寺社所有“山泽岛浦，林野陡地”，一律收公，解放部曲为“自由之民”。废除部曲制，旨在切断民部、家部对氏上的从属关系，转而使之加强与皇室的联系，这是削弱贵族势力，提高皇权的重要步骤之一。

同年，天武天皇还颁布了肉食禁止令，从每年农历的5月3日开始到10月27日之间保护幼鱼、禁止食用五畜之肉。之后的日本除了爱吃鱼肉和海产品之外渐渐养成了不吃畜、禽肉的习惯，直到明治维新之后才有所改变。

同年10月，天武天皇准许诸王以下初位以上的皇族、大臣拥有兵备。

在原本的历史上，新罗统一了朝鲜半岛之后，当即派遣使者来到日本，天武天皇也向新罗派遣遣新罗使，与新罗保持外交联系，因此与当时同新罗对立的大唐断绝外交关系。同年，天武天皇规定畿外的人也可以入京作官，首先作为兵卫负责宫城的警护。

天武天皇七年，天武天皇制定官吏的勤务评定和官位升进相关的考选法。同年，天武天皇整顿食封，凡诸王、诸臣食封，“除以西国，相易给以东”，通过移封削弱贵族在地方的势力。

天武天皇八年，巡幸吉野时，为避免发生皇位继承之争，即曾召草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川岛皇子、忍壁皇子等皇子，对天地神祇盟誓，不分嫡庶，效忠天皇，永不悖忤，和衷共济，千载安宁。

天武天皇九年，天武天皇规定贵族享有食封“先后限三十年”。

天武天皇十年，天武天皇于广濑野设行营，亲王以下群卿参加兵备检阅。同年，天武天皇命栗田真人、伊吉博德编纂《飞鸟净御原令》，第二年8月完成，令共二十二卷，律未完成。

此外，在孝德朝、天智朝开创的律令体制，因受地方豪族抵制，长期未能实行，至天武朝始逐渐在全国推行。天武朝也并非依靠专制皇权推行律令体制，主要是由于地方豪族势力日趋衰落，加之，律令制本身并不完全否定豪族对其属民的支配权。实际上，国家只是从制度上使部民、家部变为“公民”，而且，依然是依靠地方豪族保留对其属民的一定隶属关系而实现其统治的。由于豪族的阶级分化，致使其统治区域内的实权逐渐转入中小贵族手中，有可能使中央权力介入。由于实行五十户一里制，当地贵族原有的传统利益仍可维持原状不变，这正是日本律令制本身所具有的双重特性。

天武天皇十二年，天武天皇下令位阶区别的颜色显示由原来的冠的颜色改为朝服颜色。同年，天武天皇取消食封制，见亲王以下诸臣，其食封悉“更返于公”，从而，彻底消除了旧贵族的世袭经济特权。同年，草壁皇子开始辅政，参与编纂律令，并令舍人稗田阿礼等整理《帝纪》、《旧辞》，“消伪定实”，编撰国史，以奠定“邦家之经纬，王化之鸿基”。同年，由朝廷任命僧正，僧都、律师，实行僧纲制度，加强了对僧尼的统一管理。日本最古老的货币“富本钱”也是在这一年开始发行的。