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自从孙传庭听说河南大水之后，就开始观望是否可以出关，但他仍然担心闯军的主力并没有被大水全部消灭，所以始终犹豫不决。去年李自成虽然解散了大部分部队，但孙传庭仍然觉得没有把握。

接着闯营内讧的消息传来，李自成杀了罗汝才，老回回等人和他分道扬镳，联系之前闯营解散部队一事，孙传庭确信闯营确实在洪水中元气大伤，开始自相吞并。但尽管闯营被重创，孙传庭仍然觉得攻打李自成没有什么胜算，所以还是一如既往地按兵不动。

这次虽然是朝廷催促孙传庭出兵，但其实也不是完全违背他的意愿，李自成挥军南下，已经在湖广和楚军、福宁军激烈交战，据孙传庭侦查所知，河南只剩下很少的留守部队。去年打十万闯军没有把握、年初打几万闯军没有把握，但现在打个几千闯均孙传庭觉得自己还是有把握的。

为了保证进攻的顺利展开，孙传庭竭尽全力地向崇祯皇帝讨要部队，被赶出河南的汴军、从川北逃到陕西的川军，河北军、鲁军……只要能搜刮到的部队孙传庭一概不放过，眼下他手中已经握有二十万大军。尽管做了这些军事上的准备，但崇祯皇帝对是否能够剿匪成功仍然非常担忧，在内阁的竭力劝说下，崇祯天子终于同意下旨免去河南地区赋税三年，希望能够帮助孙传庭争取民心——这是崇祯皇帝第一次同意河南免税。

过去三年，明廷在河南丢了不计其数的军队，孙传庭手中的这支部队已经是明廷除新军外最后的家当。本来不该作为机动部队的一些驻守军，也被孙传庭一并带出潼关。

八月下旬，孙传庭的先锋部队抵达洛阳，并且占据了这个已经没有人烟的重镇。等占领洛阳之后，孙传庭的幕僚们劝他在此固守，收复洛阳已经是可以向朝廷有个交代，而且洛阳一带表里山河，二十万大军在此坚守，料想区区几千、上万的闯军是无法轻易夺回的，再说这里离潼关也不远，万一大事不妙可以迅速退守。

可孙传庭不这么看，闯军的主力仍然继续南下，并且开始进攻襄阳。由此孙传庭判断闯军志在江西、湖广、福建，那么收复河南的大功可以轻易地落入囊中，于是急忙督军继续向南进发。

出洛阳之后，明军开始行走在有百姓生存的地区，在抵达汝州县之前，孙传庭已经斩杀河南百姓十余万，当作闯军的首级上交给崇祯报功。

沿途完全见不到闯营的士兵，孙传庭更加坚信自己的判断没有错，在把百姓的首级交给朝廷的同时，孙传庭在奏章中大吹大擂，告诉崇祯皇帝：“贼闻臣名皆溃。”

崇祯闻报大喜，当天将孙传庭的报捷书交朝臣转念，内阁当然是一片阿谀之声，皆称崇祯皇帝命孙传庭出关是“灭贼胜招。”念完了孙传庭的信，之前因为觉得反正也收不到河南赋税而同意免税的崇祯皇帝又变卦了。孙传庭一路旗开得胜让他觉得收税有望后，当天崇祯皇帝就出尔反尔，严令内阁挑选合适的地方官员，马上赶赴河南收复的诸县上任，并且催收欠税。当然、这个时候崇祯皇帝还没有料到他用不了多久就会第二次下诏免除河南赋税。

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九月五日，剿匪军抵达汝州，入城后孙传庭将满城百姓屠杀一空。

汝州之后是宝丰，此城城内有三百闯军留守，听说官兵一路屠城的宝丰百姓决定内应官兵投降换取孙传庭的宽大处理。孙传庭好言安抚了出来投降的缙绅，第二天在内应的协助下攻入宝丰。消灭了留守的闯军之后，孙传庭依旧把宝丰全城屠杀一空，其中男性人头尽数上缴朝廷报功，女性全部赏给剿匪军充当军妓。甚至连出城和孙传庭联系，充当内应的宝丰缙绅都没能幸免遇难。

宝丰大屠杀以后，全城只剩下二百六十人存活，而且这些人并没有因为孙传庭发善心才免死的，而是因为他们有亲属在朝中做官。宝丰大屠杀绝不是控制不住军队，而是孙传庭在经过鉴别筛选后，把所有孙传庭认为杀了也没有关系的人都杀了。

宝丰之后是鲁山，鲁山城中没有闯军留守，因为得知了宝丰大屠杀后，鲁山百姓拒绝方秦军入城。孙传庭下令剿匪军攻城，攻破鲁山后孙传庭不留一个活口，全城老幼一个不留，甚至连女人都不放过——这里的妇女甚至连被充为军妓活下去的机会都没有。