重新梳理朝廷官署，于中央，正式罢废三公九卿制，而在后世三省六部制的基础上，建六省十部制。所谓六省，即中书省、门下省、尚书省、枢密省、御史省和秘书省。

中书等三省亦魏、晋以来旧制，但其架构更为谨严，逐渐向隋唐靠拢。其中中书省掌机要、政令，以左右仆射为其长官，下设侍郎、舍人等职；门下省掌诏令之审核与封驳，以左右侍中为其长官，下设侍郎、常侍等职；尚书省掌民事，以左右仆射为其长官，下设六部。

枢密省则是裴该的新创，主掌军事，以枢密使为主官，枢密副使为其佐官，下设四部。

当然啦，这只是理想罢了，就目前的状况，朝廷架构还必须维持半拉军政府的形态。在裴该这个强力的开国君主治下，中书唯承旨而已，门下也主要对下而不敢对上，尚书、枢密才是最为权重的要害部门。

乃以王卓、裴诜掌中书，华恒、祖纳掌门下，裴嶷、殷峤掌尚书，陶侃、郭默掌枢密。

此四省最贵，其长官，包括仆射、侍中及枢密使，共七人，皆列正三品，并为宰相，于禁中设国事堂，每日会商理政。至于国事会议的主席，则由七人轮值担任，一轮恰好七日，合“日、月、火、水、木、金、土”七曜之数，是故后世即以七日为一“星期”也……

御史省即旧御史府，掌监察，督责百官——主要对内，其原本长安行台从事中郎所负责的对外情报工作，则分拆后移交给了尚书省之礼部，以及枢密省之枢部——以御史大夫为其主官，正四品，御史中丞为其佐官，下设侍御史、殿中侍御史、监察御史、按察御史等职。首任御史大夫为荀闿，御史中丞为熊远。

秘书省负责天子的文书工作，以秘书卿为其主官，正五品，秘书监为其佐官，下设舍人、令史等职。首任秘书卿自然是郭璞，秘书监为胡飞。

其尚书六部分别为：礼部，掌祭祀及藩属与外国往来事；吏部，掌选举、考试与官员的任免、迁调等事；度部，掌户籍、财税等事；刑部，掌刑罚、诉讼等事；工部，掌营造、修缮等事；虞部，掌山林水泽、矿藏及流通等事——旧长安行台之商部并入虞部。

其枢密四部分别为：兵部，掌军政；枢部，掌军令；警部：掌地方治安与郡县戍守军；屯部，掌军屯、民屯等事——旧长安行台之行部并入尚书礼部。

此十部皆以尚书为部之主官，从三品，侍郎为副；部下又分司理事，以郎中为司之主官，从五品，丞为副，下设主事、令史等职，其任多为行台旧人，也兼用部分尚书旧吏——比方说张异、孙珍等。

地方行政暂且从旧，但裴该与群臣商议，谋划在天下大定后，情势许可下，恢复前汉之制，即废州而只设郡、县二级；但将部分人口繁盛、地位重要的郡改称为州，比普通的郡要高上半级。譬如改京兆为雍州、河南为洛州、河东为汾州、河内为沁州、荥阳为郑州、陈留为汴州、颍川为许州、魏郡为魏州、范阳为涿州、汉中为梁州、蜀郡为益州、江陵为荆州、丹阳为扬州……等等。

州命刺史，正从五品；郡命太守，正从六品，县不分大小，一律任命县令，自从六品而至正八品。县下更分一都多乡，朝廷直命亭长，为正从九品。

此外议在州郡上再设监察道，由御史省外派按察御史（正从七品），负责一道官吏之督责及民风之访察——一如汉之刺史、唐之黜陟使、明前期之巡抚。