觉罗富森逃回杭州时，手下只剩下300多人马，驻守杭州的是八旗都统萨尔哈岱，乍浦失守，苏松提督吴胜兆反正，嘉兴、松江、苏州不保，那么杭州也守不住，不得不向南京求援，可是南京以无兵可派，全去了湖广战场了，萨尔哈岱只能增强杭州的防御，从金华，江西调兵。

王德发很明确，拿下杭州，这样就能依托太湖，在湖州、江阴一线挡住清军，太湖流域一大块是产粮区，可减轻浙东养兵的负担，所以休整没几天，就出兵抢占嘉兴、湖州一线。

吴胜兆反正后，直接把防线推进到了常州、宜兴、溧阳一线。在杭州的萨尔哈岱这下慌了，想逃怕也逃不出去，只有南下这条路了。王德发趁机在太湖组建新的水兵营，收拢船只，又命李卫师在钱塘门外逼迫清军。

在觉罗富森没逃回杭州时，杭州城里只有3千兵守城，这一下子援兵未到，江对面的明军就在城下了，萨尔哈岱只能硬着头皮坚守了。

1647年7月29日，李卫调集二个营，对武林门发起了猛攻，70炮直接推到了城墙下，对着城门就是一炮，直接洞穿看似坚固的城门，随后在城门内爆炸，守城的绿营吓的全逃了。

在杭州清波门有一个满城，里面住的全是满洲兵及家属，萨尔哈岱一听武林门已破，就带着满人出清波门绕城逃亡安吉。李卫也不追，把满人赶出杭州就是胜利，这是一片富饶的江南产粮区，不光产粮，还有盐业、丝绸、棉布、轻纺业特别发达的地方。占领了杭州，就等于割掉了清廷一大块肥肉，多尔衮肯定不干，说什么也要夺回来。

王德发早就料到清廷接下来的反攻，所以一封电报就发往黎城，要求增大对杭州的给养及武器装备。

电报中王德发说道：“占领杭州、苏州就等于把整个江南拿到手了，目前一个江南就能养活整个国家的人口，所以不惜跟清廷翻脸不认人，也要把江南稳固。”

黎城这边乘着清廷还没反应，就组织船队，沿着运河送来了大量的日用品及武器弹药，又派来了黄顺东、朱冯奇前来组建军部。

8月14日，军方由黄顺东任浙东第一军军长，朱冯奇任副军长及军部教导队主任，下辖三个师，第一师李卫，第二师姜一功，王翊副之，第三师黄受之，华夏副之，第四师吴明，毛聚奎副之。蒋季为东海舰队司令员，王德发本身就是委员会成员，主政整个江南事务。

又任命张煌言为杭州地区主政，吴胜兆为苏州地区主政，张名振为东海舰队参事，徐孚远为舟山主政。沈廷扬为台州地区主政，蔡聪为乍浦港守备总兵，隶属蒋季的东海舰队。