只是这种过于执着的爱多少让她身边的人开始感到有些不安起来，特别是她身边的那些女侍，她们开始受不了胡安娜那有些神经质的疑神疑鬼，因为她怀疑所有她见到的出现在菲利普身边女人都在觊觎她的丈夫，这让她曾经试图驱逐所有女侍，只是这个想法最终被马克西米安阻止了。

在这段时间里，胡安娜和菲利普坐在弗兰德斯，那是她最幸福的日子，虽然似乎因为菲利普在低地地区的责任越来越重，而且他还因为陷入了试图改革低地地区的贵族议会而遇到的麻烦，可是这个时候对这对年轻夫妻来说的确也是最无拘无束的好时光。

但是来自卡斯蒂利亚的坏消息却忽然打乱了胡安娜的生活，她的哥哥老胡安突然病倒，随后医治无效，在举国上下的焦虑中，王储终于蒙了圣召。

胡安娜的命运就此发生了巨大变化。

王储生前是没有子女的，而作为双王的长女，胡安娜的姐姐阿拉贡的伊莎贝拉则已经嫁给了葡萄牙国王，虽然这是当初双王为了拉拢葡萄牙做出的决定，但是那对夫妻君主是绝不希望看到将来自己的国家被葡萄牙人吞并的。

所以当长女无疑被刨除在继承人考虑之外后，作为次女的胡安娜就成为了继承人的第一人选。

这当然对马克西米安一世来说是个好事，当初决定与那对夫妻双王联姻的时候就想着不论结果如何总是能够占到些便宜，而现在的结果甚至比他想象的还要好。

在伊比利亚，随着老胡安的辞世的时间越来越久，希望国王尽快选定新继承人的呼声也就越来越高，最终因为没有了儿子，而姐姐又不被考虑，胡安娜以第一顺位继承人的身份成为了卡斯蒂利亚王储。

按照当时的决定，胡安娜原本是应该在1498年的时候就和她的丈夫弗兰德斯亲王菲利普一起回到卡斯蒂利亚的，但是偏偏在这一年的冬天，发生了一件说都没有想到的意外。

低地地区最大阿姆斯特丹港在那年冬天遭遇到了意想不到的塞港事件，因为被无数船只堵塞港口码头而造成的港口运输瘫痪，直接导致从北海到大西洋沿岸的货物根本无法通过阿姆斯特丹港疏通出去，这种堵塞甚至一直延续到了港口冬季封港，这让整个阿姆斯特丹陷入了直到转年3月开春后才得以贯通，恢复开港。

而就是在这一年，在阿姆斯特丹并不远的内陆湿地地区，一个叫鹿特丹的港口的出现一举取代了当时已经陷入冬季封港的阿姆斯特丹的地位，一时间整个低地地区与内陆的贸易完全被那个鹿特丹把持了。

当时的菲利普正在对低地地区的进行改革，港口的封堵与新港的出现一时间打乱了他的计划，这位年轻的公爵敏锐的察觉到这其中似乎有着某些不为人知的阴谋，可是当他终于查到蛛丝马迹准备对那个来自北方，叫做格罗根宁的汉萨商人采取行动的时候，却发现那个人不但早早得到消息溜之大吉了，而且他很快察觉到似乎整个低地地区都陷入了由某个无形的巨大力量暗暗操纵之中。

先是当地商会对他的命令明里暗里的对抗，然后是原本已经初见成效的议会改革似乎遇到了巨大的潜力，已经决定暂时不再提出种种自治条款，而换取税赋减免的议会却意外的提出了“金币换不来自由”的口号，这让菲利普希望用利益换取和平的努力一下子落空了。

这让菲利普不得不一再推延与胡安娜一起返回卡斯蒂利亚的时间，虽然已经被父母不止一次的派人催促，可胡安娜却依旧固执的不愿意单独一个人回国。

时间被不停的向后推迟，1499年6月爆发的施瓦本战争更是让已经有些焦头烂额的菲利普为了帮助父亲筹集补给和军费不得不再一次推迟行期。

卡斯蒂利亚在等待中度过了没有王储的整整2年，直到1499年的年底，才接到来自低地地区送来的消息，胡安娜将和她的丈夫和女儿一起回到她的家乡，成为卡斯蒂利亚王国的王储。