黄册作为国家之根本和命脉，收储保管时首先要绝对保证其安全。

那时的玄武湖水面浩渺，湖中的几个洲与世隔绝，“周遭四十里，中突数洲，断岸千尺”，安全防卫较有保障，实乃天造地设的建库之地。

虽然自然地形得天独厚，但朝廷对后湖的安全防卫一点也没有放松。

当时的玄武湖被划为禁地，“人不得窥伺矣”，更不许随便进入。

沿湖军民“不许偷引水利”，湖边土地不许耕种，湖内鱼蟹、菱茨薪草不许采取。

若有违反，究问如律。

真可谓“湖曰禁湖，地曰禁地，例必曰禁例，而船必曰禁船。”

曾经有一位叫朱璠的户部官员写道：“王者从来重所天，六朝无计置民编。后湖藏册高千古，永保皇图亿万年。”

这首诗由衷地表达了对黄册受到很好保护的自豪。

玄武湖在严密的防守隔离下，人们“游趾不得一错其间，但有延颈送目而已”

曾有诗人感慨：“瀛洲咫尺与去齐，岛屿凌空望欲迷。为贮版图人罕到，只余楼阁夕阳低”。自从黄册库建成后长达近两百年的时间里，玄武湖几乎从当地居民的生活中消失。

虽然防守森严，管理严格，但黄册库中的册籍并没有得到如人们想象的那样完善保护，虫蛀、潮湿、造假等都对其造成了很大的破坏。

如正德十五年时发现，正德七年编造的江西布政使黄册已大半被蛀坏，其中，“有一县全蛀者，有一县十蛀八九者。纸张如粉，灰末成堆，都图丁产，字字不全，难以辨认。但经一揭，纷纷而碎”。

库房的境况也很糟糕，嘉靖时，多数库房都已超过使用年限。万历时更是“梁柱朽烂，砖瓦倾圮，阴雨淋漓，册籍难收”。

朱由检在得知这一情况后，特意下旨加强了对黄册库的保护和抢救，但对于已经损毁的众多册页却也是无能为力，上面所记载的许多地方官府统计的各项数据也随之烟消云散，这也导致了大明具体人口数量统计也需要重新来过。

除了这个因素外，连年的征战、瘟疫、疾病、饥饿、新生儿夭折等等诸多天灾人祸下，人口的变量极大，详细数据的归纳变得非常困难。