淮安是大运河的中段，是黄淮交汇的地方，也是整个漕运的关键，宣德二年朝廷遂在淮安府开府建牙设立了督管运河的总兵府。

后因漕运事务逐渐繁忙，而漕运又广泛牵涉到各省行政、军务，需要做大量的协调工作，不是一个武臣所能办得了的，所以朝廷经常临时派遣侍郎、都御史、少卿等文职官员参与督运。至景泰二年（1451），朝廷认为文官的参与必须常态化，所以奏请皇帝设立了漕运总督，并将原先的漕运总兵府改为总督府。

漕运总督长长的头衔中，提督军务这一条可是相当厉害。这就是说可以和其他各省的总督一样，拥有一定的兵权，并且漕运总督麾下兵马真是不少，名义上总督麾下足有两万余战兵，还有人数多达十二万的运军，就是跑船的这帮漕军。

漕运总督统领颍州兵备道、徐州兵备道、淮扬海防道，中都留守司之凤阳等7个卫，洪塘守御所，南直隶之庐州卫、扬州卫、高邮卫、仪真卫、滁州卫、徐州卫、淮安卫、大河卫、邳州卫、沂州卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫，海州中守御所。所以漕运总督人称为帅、大帅、漕帅，他设有军门，有中军，左营、右营、城守营。他所在的淮安城的守卫，不须地方政府如山阳县、淮安府的来管，而是由漕运总督署城守营负责，地方官府只是协助而已。有战事还可调动所辖范围内的军队，如扬州营、徐州营等。

总督的权限包括督理钱粮、操练兵马、修理城池、抚安军民、禁革奸弊等事项。如有战事发生，可以选将调兵，组织备战。对于才能不济或是不听命令的官员，文职五品以下，武职四品以下，都可以参究、拿问乃至以军法从事。至于上书弹劾，致某一下级官员被贬被杀，更是小菜一碟了。

到任总督已经月余，跟随自己参加寿州大战的凤阳卫都已回归原位，郭太的徐州兵在把俘虏押送到淮安后，也回了徐州驻地。郭太此次叙功被朝廷擢升为徐州副总兵，因而对陈奇瑜更是俯首帖耳，两次跟随陈大人都能升官，这样的好事上哪找去。

卢象升带着天雄军和辽东骑兵以及黄得功部向湖广一带挺进，继续追缴张献忠等巨寇。

寿州之战俘获的五万余人已经在总督衙门兵丁的监护下，由工部都水司的郎中划分区域，开始对堵塞严重的运河中段进行清淤工作。

五万余人被分为二十队，每队不到三千人，由一百兵丁看守，在工部吏目的指挥下展开作业。

陈奇瑜自知不懂此间事物，所以将此事全权交于了工部郎中董藩。在吩咐下陈奇之督办清淤所需粮食之后，他便带人开始四处巡查走访，力求短时间内对漕运一事有所了解，到时好给皇帝上本，陈说其中利弊，以便使自己在皇帝眼中的良好形象再加几分。

这些俘虏绝大部分是农户出身，都是因田亩绝收才加入流贼队伍，所求无非是能吃顿饱饭，甚至吃不饱也行，总比等在家中饿死要强。但其中也有不少本性凶残之辈，奸淫掳掠的恶事没少干。

陈奇瑜在率部押送俘虏前往淮安的途中，对六万余人进行了一次甄别行动，目的就是为了震慑住他们。

其实按他的本意，这伙流贼直接杀了埋掉肥田就成，活着也是浪费粮食。但崇祯在给他的谕旨中告诫他，此举是为了攻心，给别处流贼留下投诚的想头，陈奇瑜虽然颇不以为然，但还是遵照执行。

他下令把这群俘虏分成数十营，扎好营栅隔离开饿上三天。之后令官军将白面蒸饼摆在营门处，对俘虏们宣告：凡有检举揭发他人罪行者便可以出营领取饭食，朝廷会给他们安排活路，每日还管两顿饭。罪行包括破城之后抢夺百姓家产、杀伤人命、奸淫妇女、杀伤官员、官军，对朝廷有愤恨之言者等等，这些人将会被带往矿山挖矿。

大部分饿了三天的流贼们心中早已绝望，以为不知道何时就会被官军屠杀，突然听说可以吃上白生生的面饼，并且还能有活干有饭吃后，几乎所有人都躁动起来。不就是检举或者被检举吗，又不会死人，只不过是干的活不一样而已。

在持刀拿枪的官军严密看管下，流贼们每十人一组出营，来到书吏的桌前，将被检举者的姓名年龄籍贯外号，以及所犯罪行讲清，官军将被检举者喊出后带到一边的营盘看押，检举者则会去另外营盘就食。