1620年（天命五年）九月初三日，代善次子爱新觉罗·硕托（岳托的同母弟弟）因为无法忍受代善的虐待而突然失踪，有人说其“叛逃”投明朝而去。在还未确定硕托是否叛逃时，代善即一口咬定硕托有叛逃之心；在找到硕托并且其本人明确表示并没有叛逃后，代善还是向努尔哈赤跪下五六次请求斩杀硕托。代善的要求遭到了拒绝，努尔哈赤释放了硕托。

努尔哈赤由此开始调查代善给予两个前妻之子的待遇问题，发现代善之子岳托、硕托所领有的资产均比其他的异母弟弟差。因此努尔哈赤怒斥代善说，你也是前妻的儿子，何不想想我不是对你更亲近吗？你怎么就被后妻蒙蔽得虐待已长大成人的儿子呢？何况我待你一直是特选良好的部民让你专管，你为什么就不能像我一样将优良的部民赐给岳托、硕托呢？

努尔哈赤让岳托、硕托与代善分家，并公开宣布废掉代善的太子之位。

代善被废除嗣位后，于1620年（天命五年）农历九月二十八日，亲手杀掉继妻以向汗父谢罪，努尔哈赤要他与诸弟发誓，今后如再怀恨众贝勒、大臣，甘愿受天地处罚。努尔哈赤宽容了代善。代善尽管被废除了太子位，但仍得为四大贝勒之首，参与治理国政。

代善位列四大贝勒之首。

1621年（天命六年）农历二月，代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极这四大贝勒分月值理政事。

1621年（天命六年）农历三月，代善率领正红旗、镶红旗二旗兵丁，跟随努尔哈赤，攻克沈阳、辽阳，败明朝总兵李秉诚等，代善与其子岳托追四十里，斩获无数。同年农历七月，镇江城（今辽宁九连城）中军陈良策潜通明将毛文龙，令别堡之民诈称兵至，城中惊扰，陈良策乘乱执城守佟养正，杀其子佟丰年并从者六十人，叛投毛文龙。代善奉努尔哈赤之命，和莽古尔泰和督堂阿敦，领兵二千，迁移金州沿海居民于复州。同年农历十一月，代善在银库取银六万六千两，分赐八旗官兵。

1622年（天命七年）农历二月，代善与皇太极率正红旗、镶红旗、正白旗三旗，去义州驻防，斩杀义州拒绝降顺的汉兵三千人，又将右屯卫汉民四千五百五十七丁、八千八百六十四人及马、牛、驴三千余匹（头），驱往金州。同年农历四月，为示友好亲密，金国汗、贝勒与来归的蒙古诸贝勒“结成亲家”，代善的亲家是莽果尔额驸父子、绰尔济、密赛、伊林秦、额布根、伊思阿布和代青之子拜音岱，其蒙古亲家之多，超过阿敏等其他贝勒。他又带领杜度贝勒、济尔哈朗贝勒和扬古利总兵官，率兵一万余，前往广宁换防。

1623年（天命八年）农历二月，代善偕二贝勒阿敏，领兵前往锦州、义州一带，捉拿来此运粮的蒙古兵。同年农历六月，代善奉汗命，和斋桑古等四位贝勒，带兵二万，前往复州镇压汉民起义，获胜后返回。同月，复州复御王炳、永宁监备御李殿魁，分别向代善告密督堂乌尔古岱收受贿物，代善转告汗父努尔哈赤。诸贝勒审理后，拟将乌尔古岱处死，并指责皇太极、德格类、济尔哈朗、岳托四贝勒有过，请努尔哈赤惩治。努尔哈赤痛斥皇太极骄傲愚昧，谕令罚取四位贝勒牛录。农历八月二十日，努尔哈赤下谕，指出诸贝勒都有过错，次日，诸贝勒上书自责。代善上书说：“当初父汗指出我的过错，我不听从，犯了罪，父汗与众弟仍以礼恩养。我若不深切念此爱护，对我的过失，如仅仅伪言追悔，是我的过错，而在心中仍认为我正确，皇天岂能宽恕我？不要忘记我的过失。我每每想起自己的过错，后悔不已。今后我一定要摒弃恶行，勉励自己行善。如若再有过失，我身将遭殃祸。”

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这第四点就是拥立皇太极，反遭猜忌