降清以后，自然要为新的主子效力，实现自身的价值。而因为洪承畴熟悉大明情况，绿营诸将唐通、白广恩等也都在洪承畴麾下效力过，满清摄政王皇太极对洪承畴委以重任，以其为督军大学士，全权指挥十数万绿营兵负责剿灭山东河北一带的暴民起义。

洪承畴上任之后，利用其在大明官场上的关系，劝降了好些明朝士绅，并派出军队剿灭河北山东很多义军，只用了数月的时间，河北，山东北部西南的起义便被其镇压了下去，只剩下胶东半岛的暴民起义。洪承畴便亲自指挥，剿灭胶东的暴动。

胶东起义的军队分成两拨，一拨便是赵应元的青州军，占据了整个青州府，兵力达十五六万人。另一波便是盘踞在登州的吴平，据说和南明的齐国公陈越关系密切。

幸好，这两路明军之间好像有些矛盾，在洪承畴攻打青州时，吴平并未派兵进行支援。

青州府河济南府相邻，属于鲁中南山地丘陵地带，丘陵处处，不利于大军行进，足足用了好几个月的时间才打败了赵应元，攻入了青州城，南明委派的山东巡抚王永吉狼狈逃到了登州。

攻下青州府杀了赵应元之后，洪承畴立即下令继续往东进攻，攻入了莱州府。

莱州府地处胶莱平原，平地多山峦少，利于大军行进作战。而吴平也没有打算在莱州和清兵决战的打算，手下的军队退出了莱州龟缩在登州城。

而登州的地势又和莱州不同，境内艾山、牙山、大泽山山脉纵横，明军在山隘险要之处设防，整个登州府的百姓好像都被明军收复，到处都是他们的眼睛，绿营兵进入登州后，屡屡受到明军袭击，损失惨重。

战斗进行的非常艰难，登州明军的战斗力非青州乌合之众能比，更像一支训练有素的精兵，而且装备武器比之绿营兵丝毫不差。

双方的军队在登州境内反复交战着，进攻防守，偷袭，袭扰，这样的战斗每日都在发生，清军每进一步都很困难。那时洪承畴便知道，想打下登州非短时间所能做到。遂向满清北京朝廷说明情况，请求清廷派出真八旗勇士前来，盖因洪承畴发现，绿营兵在和明军交战时竟然占不了多少便宜。

而当时的满清朝廷刚刚经历了一场内乱，便是摄政王多尔衮也不愿再把宝贵的八旗兵消耗战平乱的战场。经过洪承畴数次求告之后，多尔衮才答应了洪承畴的要求，派出贝勒勒克德浑率领三千八旗兵前来参战，同时平西王吴三桂也被派到了山东。

有这两支生力军加入之后，局面才慢慢向着清兵这边倾斜。八旗兵的战力实在是非同寻常，不论是个人的战技战力都不是明军能比。

六月时，清兵终于攻到了登州城下，明军都退入了城中。

然而洪承畴震惊的发现，明军竟然把登州城经营的如同铁桶一般，虽然不知道棱堡这个概念，可是从登州城墙每隔不远便有一处突出的马面，整个城墙好像刺猬一样向外伸出无数的尖刺露出了狰狞的面容，洪承畴便知道想攻下登州将非常的困难。

而且清军根本围不住登州，因为登州城本来就一面临海，明军在海上竟然然有着一支数十艘大海船组成的庞大船队。当清军近城立营时，明军船队竟然向着清军营地开炮，听其响动，拥有的红衣大炮竟然有数十门之多！甚至会有明军乘船绕到清军之后，攻击运粮的军队，烧掉了不少粮草。

所以，虽然攻到了登州城下，战斗却进行的更加艰难。洪承畴指挥着刚收编的俘虏炮灰军队，对着登州发动了猛烈的进攻，却在登州城墙上碰了个头破血流，一个月的时间连续攻了十多次，云梯都无法搭上城墙。