路振飞答应高杰不会株连，所以李本深和高进库并没有因为是高杰的亲信而受到牵连。不过这两人自知无法在平南军混下去，便带着高杰的妻子刑氏和幼子离开了。陈越也没有为难他们，给了一笔银子放行，当然只是他们本人离开，不允许他们带走武器和军队。

对这些降军的使用，陈越很是为难，最省事的办法当然是还让原来的军官领兵，一切都如以前，这些降军不需要怎么训练就可以拉上战场。可那样自己也就丧失了对军队的控制力，而这些军队说不定什么时候还会再次背叛自己。就像投降李自成的明朝军队，当李自成败了之后，又纷纷投降了满清，就是因为李自成根本没有对这些军队进行改编。

所以，必须对这些降军进行整编，然后才能使用，当然这很麻烦，也需要时间。

明末的军队，从来都是兵为将有，士兵几乎是将领的私产。为了打破这种模式，为了割裂降军中军官和以前的家丁亲卫的联系，陈越下令，所有总旗以上的军官都跟从大军攻打南京，当然，这些军官不许带任何亲卫。

这批军官人数有四百余人，陈越把他们和六百平南军步兵编制成一个营，号称教导营，由陈越自己亲自担任统领，调陈平为副将。

不管是降军中的副将还是参将游击，入了教导营都从小兵做起，学习平南军的军制以及军规戒律。

陈越告诉他们，平南军和其他明军不同，想要在平南军任职，就必须先适应平南军的各种条例。陈越许诺他们，等他们适应了平南军之后，依然会在新整编的军队中任职，至于官的大小要看他们的能力，以及是否立下战功，当然他们从前的官职也会被参考。

当然，不肯从小兵做起也行，也可以离开军队，拿着银子走人。对怀有野心很难驾驭的人，陈越不愿迁就他们。

出乎陈越意料的是，大多数军官都选择留了下来，哪怕现在只是当个小兵。这让陈越很是不解。

其实也没什么不能理解的，因为对这些军官来说，拿钱离开后他们将会一无所有，失去了军队想活下去都难。而留在军中，好歹还有重新当官希望，而且这希望非常之大，因为整编过后的降军肯定需要大量的军官，而以陈越被崇祯信任的程度和崛起的势头，以后的军队肯定会越来越多，跟着陈越，他们的前途还是很光明。

不过再想像以前那样把军队看作自己的私产，侵吞军饷欺压士卒的事情就不能再想。

离开则一无所有，留下来还有希望，这选择不难做。

把降军中所有军官掌控在手里，接下来就可以放心大胆的整编降军了。陈越下令，从降军中挑出两千面相老实者编入军队，补充各部损失。把步兵又恢复了左右两营，分别由李奕金鑫任指挥，其中李奕营基本是原来的西山军老营，共一千五百人，以保证战斗力。金鑫营则有五百老兵一千降兵。

剩下的一千降兵一半补充入吕泰的水营，在运河里的战斗中，他的水营损失很大，两千士兵损失将近一半。另一半降兵则补入了金声桓的团练营，现在团练营的规模达到了一千五百余人。

剩下的降兵还有一万，命令杨正平为新编军总兵，带领五百平南军老兵负责对这些降兵进行编制训练。等训练数月改造好后，会对这些降军重新编制，那时也是平南军急剧扩张之时。