原本对明军水战并没有多少信心的陈子龙，见新募之兵，居然依靠铁锁连舟的优势，同清军对射而不居下风，心里顿时一阵兴奋，指挥士卒朝清军兵船射出火箭，打出火统，逼得清军兵船不敢靠过来短兵接战。

水战从早晨战至中午，江面上惨舟无数，处处火起，明军虽然死伤更为惨重，却算不得分出胜负。

下午时分，刘良佐亲自率领兵船作战，但明军船只巨大，清军船小不能仰攻，数次欲强登连舟，却接连受挫。

这时刘良佐再次采纳了总兵张天福的建议，决定改用火攻破敌。

将近黄昏，刘良佐选择八百名悍卒，驾使百艘连环船，子母船，他们在船头装满火药柴薪，突然出现在明军连舟之前。

连环船长四丈，形似一船，实为两船，前船占三分之一，后船占三分之二，中间以两铁环相连。前船有大倒须钉多个，上载火球、神烟、神沙、毒火，并有火铳，后船安桨载乘士兵。战时顺风直驶敌阵，前船钉于敌船上，并点燃各种火器，同时解脱铁环，后船返航，后船既返，前船烈焰旋起，敌船遂焚。

子母船与连环舟也是大同小异，俱是用于火攻的一种战船。

八百清军架着百艘连环舟，向明军大船冲来，左懋第等人却早有准备，令士卒抱起长木、竹竿将迎面撞来的纵火船只顶住，而后令士卒抛射火箭，将其点燃，使之他们在撞上连舟之前，便燃烧殆尽。

历史上曹操连舟，为东吴火攻，南宋大将张世杰数次连舟，也同样失败，郑鸿逵也知道连舟易被火攻所破，因而早已定下破解之法。

清军的大部分火船被明军顶住，一小部分则还是撞了上来，但明军之前用泥涂舟，使得火势大大降低，效果并不明显。

在清军开船纵火之时，王威见明军始终被动挨打，心里不由一阵着急，正思索破敌之法时，正见刘良佐的坐船前出，已经来到第一线。

王威见此大喜，随领着数艘战船猛扑而上，瞅准了刘良佐，命火炮猛轰。

催不及防之下，清兵部尚书爱新觉罗韩岱被一炮打死，刘良佐顿时大惊失色，连忙移往他船，原来的座船则被王威击得粉碎，很快沉入江底。

多铎给刘良佐安排的监军爱新觉罗韩岱，被明军打死，连尸体都没有抢回，葬身长江之中，令刘良佐万分恐惧。

如果他不能击败明军，立下大功绩，那丢失满清皇族的罪过，多铎定然会严惩于他，甚至有可能人头落地。

想到此处，刘良佐不禁双目赤红，他不甘心失败，也不甘心荣华富贵离他而去，更不愿意战败后被多铎所杀，于连发数道命令，一边从新调集火船，一边令战船猛攻明军战船，定要击败江面上的明军水师。