占领九州之后，虽然大汉朝廷之前答应了要将九州岛整个奉送给岛津一族，但是为了维持现在的占领地秩序，所以赵松仍旧命令九州岛现在的格局暂时不变，各个投靠大汉的藩主继续在领地内维持之前的统治秩序，所以在这些领地内秩序还算是严整。

但是在那些亲附幕府、举兵抵抗的藩主的领地内，因为藩主和家臣们大多数在大汉的兵锋之下要么死伤，要么就躲入山野当中惶惶不可终日，原有的统治秩序基本上突然就被摧毁了。

少量地方，因为有大汉军队的进驻，总算还维持着秩序，但是大汉军队毕竟有限，在大汉军队所未能触及的地方，因为原有统治体系的突然崩溃，出现了难以制止的动乱。

其中闹得最凶的就是九州西部和南部的那些藩国们，一来是因为大汉大军是从西部登陆进军、大量藩主和藩军在战争当中被杀或者逃亡，社会秩序突然崩溃，给了他们暴乱的空间；二来是因为之前被幕府和各藩严厉镇压的天主教徒们，终于等到了镇压力量削弱的时机，然后趁势而起，发动了暴乱。

这些暴乱，是从日野江藩等九州西部地区集中爆发的，因为无人制止很快就变成了熊熊烈火。

在战国时代，各地豪强互相征伐战乱不休，而这时代的西班牙人和葡萄牙人却已经开始在全球进行海洋扩张，为各自的国家寻求商业的利益。很快，这些西洋人发现了日本，并且和许多大名建立了商业来往，将自己的军火输入到了日本。

正因为有了大量从西洋输入的军火，日本的军事出现了突飞猛进的改变，而织田信长也借着军事变革的力量崛起，并且快速地统治了日本。

同时，随着商人的涌入，大量西洋传教士也来到了日本，并且开始向日本的各个阶层进行传教。因为这些西洋传教士掌握着知识和技术，很快就得到了许多大名的尊重，并且快速地就成为了座上宾，一些大名甚至还因为他们的传教而抛弃了原本的信仰，受洗礼成为了天主教徒。

而在与西洋人通商较多的九州，在那些下层平民当中，天主教传播的速度也非常快。这是因为在纷扰的战国时代，各个大名豪强要么有扩张势力的野心、要么是为了固守自保，都拼命扩充军队，并且为了维持军队，各个藩主和他的家臣团们莫不以各种手段压榨领内的农民，维持所需。

相较于当时已经变成了高级贵族和僧侣们统治工具的佛教，天主教人人平等的思想十分贴合于这些被残暴压榨的农民，让他们在痛苦的现实当中找到了一些精神慰藉。在传教士的引导下，他们很快就投入到了天主教的怀抱，九州出现了大量天主教民。

而且，在残暴的压榨当中，广大平民衣食无着，而且反抗情绪也日积月累，在这种情况下，天主教既能够提供一种让他们联接起来的工具，也能够给他们提供另一种身份认同，让他们不觉得自己比领主的地位卑下。

在这样的情况下，天主教民在日本列岛四处发展，甚至蔓延到了上层，很快引发了日本最高统治者的警惕，决定限制天主教的传播，同时压服这些心怀不满的平民百姓。

丰臣秀吉下达了禁教令，而继承了丰臣秀吉事业的德川家康也几次颁布教令，宣布要清洗天主教徒，在幕府的高压下，大量天主教徒被迫改宗，少部分不愿意改宗的平民就要被杀死。

同时，战国时代的严厉压迫和苛捐杂税还是没有因为和平年代的到来而停歇。虽然在幕府的命令下，各藩的军事力量都被严重缩减了，但是无论是日野江藩还是福冈藩、抑或是九州其他地方的藩国，当年的税收一无所减，有些领主甚至还刻意地给农民在苛捐杂税之外再加了一些捐税，理由是“芝麻和农民都是越榨越有油。”

首先爆发天主教民的正是岛原藩，这里来自于信仰和剥削的压迫尤为严重。日野江藩之前的藩主是有马直纯，有马直纯从小在德川家康身边长大，又娶了德川家康曾孙女为妻，所以深得幕府信任。

在父亲死后，有马直纯继承了其父去当岛原领主。受宠若惊、感激涕零的有马直纯，虽然曾经受过洗礼也是个天主教徒，但为报答德川家康厚爱，他早已经毅然退教，而且发誓要秉承幕府将军的圣意，将天主、基督在藩内斩草除根。有马直纯一来到藩内就大开杀戒，将不愿弃教者活活烧死，并叫其他教徒现场观看。