护龙军趁南明严重内讧之机，于大明摄政王十二年（1655年）重新控制湖广。

大明摄政王十五年（1658年）四月护龙军攻占贵阳，遂定贵州。

大明摄政王龙辰亲自制定多路进攻云南的方略；吴三桂率北路，自遵义经七星关；赵一名率南路，自平浪（今都匀）经安隆所；龙傲率中路，自平越经关岭铁索桥，三路会攻昆明。

大明摄政王十六年（1659年）正月，护龙军三路大军攻占昆明，永历帝逃往缅甸。

大明摄政王十七年（1660年）八月，龙辰以自己第三子，孟安安所出，龙缺为定西将军，率部往云南会剿。

大明摄政王十八年（1661年）九月，护龙军分两路追击南明永历帝。吴三桂率右路5万兵，出陇川、勐卯（今瑞丽）；马宁、王·辅臣率左路2万兵，出姚关。

十二月，吴三桂部入缅甸境，后索获朱由榔，班师昆明，永历政权亡。

同年，大明摄政王命吴三桂支持征伐缅甸的攻势，历时两年，最终占领缅甸全境，缅甸国主亲自来北京做人质，向龙辰请罪。大明摄政王二年（1645年）至九年（1652年），在统一战争中，护龙军攻灭南明鲁王政权之作战。大明摄政王二年闰六月十二日，故明刑部员外郎钱肃乐于宁波（今属浙江）起兵，与定海总兵王之仁缔盟抵抗护龙军，并遣举人张煌言赴台州（今浙江临海），表迎鲁王朱以海监国。

二十八日，朱以海称监国于绍兴（今属浙江），以抵抗护龙军相号召。时南下护龙军已于六月占领杭州，定国大将军冉义奉调回京。

鲁王政权主要拥有张国维、方国安、王之仁、钱肃乐等部武装，含大量水师，布置于钱塘江南岸。八月，鲁监国大学士张国维连克富阳（今属浙江）、于潜（今浙江临安西紫溪东岸）。

鲁王朱以海赐上方剑，令张国维总领诸军。九月初二日，镇东侯方国安、武宁侯王之仁率部从富阳进攻杭州，被护龙军击败。

十月十四日，张国维出师钱塘，会同钱肃乐等部合攻杭州，于城郊连战10日，获小胜。

护龙军一部援杭州，明军遂退。

大明摄政王三年（1646年）三月，王之仁率舟师于钱塘扬帆，大败护龙军，乘胜进围杭州，不克，遂还。

五月二十日，护龙军陈兵钱塘江北岸，时鲁王诸军绵亘200余里，舣舟江上以待。护龙军未具舟楫，不能渡。

二十七日，护龙军攻富阳，北蜂山南明守将潘茂斌等败走，护龙军遂以数百骑尾后，策马渡江。夜，方国安拥兵10万，不战而退，拔营走绍兴，与马士英、阮大铖携朱以海南行。