陈继胜即刻率兵撤回，以免被从前线撤回来的八旗军包了饺子。

朝鲜会战的大捷，不仅让朝鲜的护龙军舒了一口气，抹去了八旗军在朝鲜所投射来的阴影，也让东江镇诸将舒了一口气。八旗军不精·水战，但是他们一直在尝试和摸索水战方式，相信只要再给他们两三年时间就能够拥有从水上击败东江镇的力量。然而，这次大捷之后，八旗军元气大伤，对于发展水师，他们定然是有心无力了。没有水师的配合，女真鞑子不可能从根本上奈何得了东江镇。

而在此时，陈继胜收到了来自龙辰的亲笔信，信中的内容却让陈继胜整个人脸色一变。

信中的内容是关于孔有德的，而自己所接到的命令居然是帮助孔有德从登州脱困！

孙元化当初随孙承宗镇守山海关，三月加山东按察副使，五月升登、莱二州巡抚。后袁崇焕杀毛文龙，于皮岛的毛文龙旧将哗变，孙元化接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明、李九成、李应元诸将。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。

崇祯四年八月，皇太极率清兵攻大淩河城（今辽宁锦县），那场战事也是八旗军第一次破关入寇大明的战役之中，祖大寿在接到袁崇焕的信后带着义愤出走的辽东军重新回来参战，保卫京师，开始修筑大凌城。随后，皇太极领兵将祖大寿受困城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足，又部队行抵吴桥时，与山东人屡有摩擦，县人皆闭门罢·市。

有一士兵强取山东望族王象春家仆一鸡，该丁被“穿箭游营”。于是士兵击杀该家仆，事后象春之子不肯罢休，要求查明真相，李九成把孙元化给的市马钱花尽，恐遭非议，于是抢·劫哗变。既然明目张胆地开抢了，那就继续玩下下，闹得大一些。

孔有德受李九成、李应元父子的煽动，在吴桥发动叛变，在山东境内连陷数城，黄龙遭叛兵割去耳鼻，史称“吴桥兵变”。

广东道御史宋贤上疏抨击山东巡抚余大成、孙元化：“登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞于江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。”广西道试御史萧奕辅指责孙元化放任孔有德，又说张焘“卸罪于波涛，借词于风汛”。此时整天闲着没事儿做的御史们开始得瑟起来，发挥他们极强的想象力，愣是将和孔有德叛乱没有直接关系的几员将领给“连坐”了进去。先是批了孔有德上级孙元化，再是批了孔有德好友张焘。事实证明，这些个乱扯淡的御史的确为孔有德叛乱规模迅速扩大有着不小的功劳。人家明明还没想着和孔有德一起反叛呢，可能依旧想着当自己大明的忠臣，或者是在犹豫之中，被那帮闲得蛋痛的御史们一阵脏水一泼，你就是不跟着孔有德反，你们也是叛军！

得嘞，既然反不反都没出路了，那干脆反了！

当孔有德倒戈杀回山东半岛时，那可是势如破竹啊，连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。

孙元化急令张焘率辽兵守登州城外，遗总兵官张可大发兵抗击，以两路成合击之势。但张焘部与孔有德旧职，而且这时候张焘已经收到风声，朝廷已经开始着手对自己定罪了，那好，没别的话说，孔哥哥，我不打你，咱一起来闹腾。张焘的兵卒随即投入孔有德行列，而忽然被队友临阵倒戈的张可大部自是大败。

与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、陈光福等人，立即举火开门，孔哥哥，你终于来了，兄弟们等得你好苦啊。

崇祯五年一月登州便告失陷，孔有德掳获了旧兵六千人、援兵千人、马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十余位，西洋炮三百位。总兵张可大斩杀其妾陈氏后，上吊自尽，孙元化自杀未成，不向叛军妥协，这里来看孙元化确实还算很是有气节的。因为孙元化是孔有德等人的老上司，而且孔有德虽说在历史上当了汉奸，但他确实是个讲情义的人。如果孙元化肯和孔有德一起闹腾，孙元化定然在这股乱军中能够拥有极高的地位。

城中葡萄牙人有西劳经、鲁未略、拂朗亚兰达、方斯谷、额弘略、恭撒彔、安尼、阿弥额尔、萨琮、安多、兀若望、伯多彔等12人死亡，15人重伤。孔有德念旧，五年二月将元化和宋光兰、王徵、张焘等人放还。孙元化与余大成、张焘回到京师，为政敌陕西道试御史余应桂、兵科给事中李梦辰所陷害，元化送镇抚司，狱中遭到酷刑。“手受刑五次，加掠二百余”。