卫平认为应该围困壹歧岛，让岛上的日寇自生自灭。当时，帝国海军是没有任何对手的，只要摧毁了壹歧岛上的船只，再南下占领日本本土的港口，留一支舰队在壹歧岛附近巡逻，拦截从其他方向赶来的日本船只，就足以封锁壹歧岛了。而壹歧岛上储备的粮食本来就不多，日寇都将被饿死，到时候，明军不费一兵一卒就能拿下壹歧岛。
显然，卫平这个建议虽然可以让明军的主力都集中在日本本土战场上，不过却有点保守，而且分散了海军舰队。本来，李舜臣指挥的西面舰队的战舰就不多，只有朱祁钰指挥的东面舰队的一半，如果再分散的话，那西面舰队就没有多少战舰了。另外，在明军登陆日本本土的作战中，舰队需要担任火力支援任务，如果分散舰队，必然将增加登陆作战的难度。最后，日本九州，以及本州岛南部的港口并不少，且海上封锁并不完全可靠，岛上的日寇也能自己建造船只，所以，根本就无法完成封锁任务，反而会留下祸患。
与卫平不一样，陈豫的建议很直接，攻打壹歧岛，集中三个军，以及海军舰队的力量，以最快的速度消灭岛上的日寇！当然，这个建议是很鲁莽的，明军已经在对马岛上留下了一个军的兵力，而且浪费了好几天的时间，如果再在壹歧岛上浪费时间的话，那就跟不上东路大军的步伐了。且，要彻底消灭岛上的日寇并不是那么容易的事情，如果这里的战斗拖延下去，让日寇得到了在本土组织防御的时间，那么登陆作战也不好打！
最后，邓茂提出了自己的想法——诱降。这是一个比较折中的办法，先让舰队炮击壹歧岛上的日寇营地，然后迫使日寇投降。不过，明军在朝鲜的战争中，杀光了所有投降的日寇，这次，日寇会投降吗？
这时候，李舜臣提出了个办法，虽然，这个办法有点大胆，还有犯上之嫌，不过陈懋立即就采纳了。当然，这个办法其实并不难，就是在迫降日寇的时候，伪造一份大明皇帝的赦令，以大明皇帝的名义接纳这些日寇俘虏，然后再抓起来全杀了！
这确实是一个很大胆的想法，陈懋这些人都没有想到，一是他们很尊重皇帝，二是他们根本就没有往这方面想过，大概也只有李舜臣才能想到吧。不过，陈懋并不是一个思想僵化的人，而且他也很清楚朱祁钰的脾气，如果能够顺利打下壹歧岛的话，那么就算再伪造几份诏书，朱祁钰也会同意。换了朱祁钰在这里，他甚至会亲自下诏书，赦免这些日寇，然后再找个借口把日寇全杀了！
四人商量一番之后，就做出了决定。当日，舰队分头炮击了岛上沿海平原地区的十多个日寇营地，给日寇造成了极为严重的心理阴影。随后，一名信使将伪造的皇帝赦命送到了岛上去，交给了日寇的守军统率。
这日寇将领原本就不是将军，甚至不是军人，而是个文臣。在本分到壹歧岛来的时候，他就很是担心，现在明军打来了，他更是怕得要死，一见到明军的信使送来了大明皇帝的赦免令，他立即喜出望外，不顾几位部下的反对，立即将岛上的日寇都召集到了南面的小港口附近，然后集体向明军投降了。
当时，陈懋无无法判断是不是所有日寇都已经投降，所以还专程派人送去了一批物资。在收缴了这些日寇的武器，将其统一看押起来之后，让日寇饱餐了几顿，也浪费了一些粮食。然后，再找几个没有多少戒心的日寇军官，去将那些躲在岛上腹地的日寇都找出来。
这一招确实收到了效果，三日之内，近两千名躲在岛上的日寇见到明军没有杀害他们的意图（此时，严广儒还没有在对马岛上大开杀戒呢），而且还优待俘虏，加上一个个也饿得不行了，就干脆都放下了武器，主动向明军投降了。
等到这些俘虏都被看管了起来之后，邓茂的第一军对整个壹歧岛扫荡了一遍，将最后一些还没有投降的日寇铲除了之后，第一军撤到了港口，而陈豫的第二军则已经将日寇给围了起来，卫平的第三军则在加快速度部署，巩固第二军的防线。
当日寇发现气氛不对的时候，已经太晚了。当天晚上，明军在食物中下了毒，大部分日寇都被毒死，一些警惕性较高，没有急着吃饭的日寇虽然没有被毒死，不过等待着他们的结果是一样。在天黑之后一个时辰，所有日寇都完蛋了。当天晚上，明军连夜清扫屠杀现场，本来所有的尸体都准备掩埋的，可是尸体太多，根本就埋不完，而且明军还要留下精力在日本本土登陆。到最后，不得不将没有来得及掩埋的尸体全都抛入了大海。也正是如此，后来日本人才会记载明军在壹歧岛大屠杀的事情，当然，明帝国的正史中绝不会记载这样的事情，而是说这些日寇都是负隅顽抗，最终被消灭的！
打下了壹歧岛之后，第一军团在岛上休整了两日，一方面是士卒长途跋涉，都非常的疲惫，而且很多陆军官兵不适合海上航行，出现了严重的晕船现象，到了壹歧岛，很多人都被折磨得没有一点人样了。另外，当时大批的运输船已经返回了釜山港，准备将更多的物资运送到对马岛，好支持明军的进攻行动，没有足够的船只将登上壹歧岛的第一集团军运到日本本土去。
陈懋也不得不下令在这里暂时停了下来。不过，李舜臣指挥的西面舰队就没有歇着，而是趁第一集团军在岛上休整的机会，迅速率领舰队南下，杀向了日寇本土港口。
当时，日本的主要港口都集中在西部地区，特别是以长崎为中心的九州岛，一直是日本海上贸易发展得最为迅猛的地方。小西家族就是长崎的大商人家族，是日本最出名的商业家族。而在九州岛，四国岛，以及本州岛之间的濑户内海更是日本航海业最发达的地区，集中了大量的港口。