七十二年（40年）二月七日，就在李玉民主动递交辞呈，辞去太平洋舰队司令官，转为预备将领的第五天；陆战队攻克棉兰老岛北部重要港口，也是日军最后一个大型据点卡加延-德奥罗的第二天，身体基本康复的陈锦宽返回海军司令部，重新执掌帝国海军。

八日，李玉民在家上吊自杀，虽然被副官及时发现，但是在送到医院之后也因为大脑长时间缺氧成为了植物人。从此，以李玉民为代表的东洋系逐渐淡出了帝国海军，众多东洋系军官遭到了前所未有的打击。

同一天，在没有任何征兆的情况下，陈锦宽发布了帝国海军改制计划。

按照该计划，帝国海军将率先采用战区制，舰队则统一由海军司令部与总参谋部掌管与指挥，并且由总参谋部根据战争情况进行组编。

当时，陈锦宽将海军主导的战场划为了五个战区，即西太平洋战区，南方战区（后来包括东南亚、澳洲、南太平洋与西北印度洋），中西战区（后来包括西北印度洋、阿拉伯半岛、地中海与北非），北大西洋战区与南大西洋战区（后来包括了南大西洋、撒哈拉以南非洲与南美洲，所辖面积为各大战区之首）。

各个战区都设独立的战区司令部，其主要职责为策划战役行动，指挥与协调参战部队。

也就是说，各大战区司令部只有军事指挥权，而没有人事调动与任免权。显然，战区司令部是纯军事职能的部门，其影响力远远不如舰队司令部。

战区制度的确立，在很大的程度上为帝国海军打赢战争奠定了基础。

后来，萧鼎昆在海军的战区制度上，确立了帝国海陆两军的战区制度，并且让陆军也规划了相应的战区，并且明确了各个战区的重点（即指挥权到底属于海军还是属于陆军，或者陆战队），从而为海军、陆军与陆战队联合作战奠定了基础。

从这一点来看，帝国海军在创新方面再次走在了陆军的前面。

与战区制并行的就是舰队改组。

以往，舰队都属于舰队司令部，即便是在规划新战舰的设计与建造，新战舰的分配方面，总参谋部与海军司令部都得给舰队司令部面子。显然，在帝国海军独步全球，无人能敌的情况下，这一制度的问题并不大。现在却不再适合新的情况，要想使帝国海军发挥出全部潜力，就必须集中利用有限的资源。

集中管理与编组舰队是提高舰队战斗力与作战效率的有效办法。

按照陈锦宽的规划，所有战舰都直接隶属海军司令部，作战行动上则由海军总参谋部直接指挥，或者是委托战区司令部指挥（实际操作中，基本上都是由战区司令部指挥，总参谋部只负责调动与派遣舰队）。

当时，陈锦宽没有提出改组的细节规划，最后的工作是由卫延年完成的。

舰队的管理分为行政与作战两部分，行政管理权由海军司令部负责，并且下设舰队行政管理处，其主要职责就是负责战舰的设计与建造，战损维护，人事安排等。因此整项改革设计到彻底改变海军司令部的职能机构，比如严国荣的后勤装备处就需要分出一部分来，所以这项改革花了两年多时间才最终完成。

作战管理权则由总参谋部掌握，主要涉及舰队编组，调动，任务派遣等。