“天子与士大夫共治天下！”但对于士大夫来说，这天下，有他们便足够了。

士大夫心中所谓的义兴“专断时代”匆匆结束，从头到尾不过一年的时间，这让满朝的大臣，尤其是东林党人兴奋莫名，在他们看来，马士英等人不过是些弑君的叛臣，自古以来邪不压正，他们迟早会被东林正义的力量清除出朝堂。

而即将上位的朱由崧，由于得位不正，也无法对朝政产生什么巨大的影响，所以说，将来的大明朝堂，将会是东林的天下，清风正气，将会充盈整个大明中枢。

马士英则对这一切冷眼旁观，宦海浮沉二十余载，对于朝臣们的党政他早已看穿。所谓的东林除了少部分干臣之外，其余的大部分都不过是趋炎附势之徒，借助于东林的名望和影响，满足自己的个人目的。现在的朝堂，手中有兵权才是最重要的，刘良佐两万人马。兵不血刃，便能轻易的攻克南京就充分的说明了这一点。

但出乎意料的是，刚刚安稳下来没几天，二月初五的时候，南京城中便出现了混乱的情况。刘良佐约束麾下的兵马不利，入城时的劫掠并没有完全消除。虽然马士英严令他必须控制住麾下兵马，不能再出现类似的情况，但却是没有达到预期的效果。

这一点，令刘良佐都很惊诧。麾下的兵马不知道是怎么一回事，居然有愈演愈烈的趋势，从劫掠普通百姓，开始转向南京城中的豪族、乡绅，甚至于朝中的大臣。

刘良佐虽然是个武夫，但也知道。这个时候万万不能出什么乱子。派出心腹纠察军纪，彻查此事，却是始终没能得出一个确切的结果，但有一点可以肯定，似乎是有人在暗中推波助澜，挑唆、怂恿自己的士卒在城中搞出这么多事情来。

消息送到马士英手中，马士英顿时起了警觉，但想要彻底调查清楚。眼下又着实没有能力。南京初定，朱由崧登基的事情边让马士英焦头烂额。还要想方设法将自己的弑君的事情一点一点的抹去，实在是殚精竭虑，忙的不亦乐乎。现下哪有时间来调查这样的事情。

无可奈何之下，马士英只得拜托卢九德，请京营负责南京城中的治安。但即便是如此，二月初五的晚上。仍是有十余位大臣家中遭到了洗劫，抢劫财货不说，还杀死了其中的五位朝臣。

偏偏这十余人还都是东林一党中的骨干成员，如此一来，钱谦益、黄宗羲这些东林首领可是再也无法忍耐了。

凌晨时分。便有千余名官员和儒生聚集到宫门之外，声称要严惩刘良佐和肇事凶手。马士英少不得要四方奔走，好不容易才将事情给压了下来。

但东林党人却将马士英和刘良佐视为了死敌。

转过天来，京师中发生了数起对抗事件，便是儒生和刘良佐的兵马起了冲突，手无寸铁的儒生吃了大亏，被杀的血流成河，两百多条无辜的生命葬送在刘良佐的刀剑之下。

这样一来，马士英便再也无能为力了，只能眼睁睁的看着南京城中的局面一天比一天糟糕。这时候，他只能频频向黄得功、郑芝龙和左梦庚发出书信，要他们日夜兼程，尽快赶至南京，平息城中的变乱。

但期盼中的援兵没有到来，却是得到了一个更加令马士英崩溃的消息。

朱平安在山东起兵，将朱由崧、马士英等人列为叛逆，昭告天下他们的谋逆弑君之举，山东军杨廷麟数万精锐之师开始南下。淮扬、江西、广东纷纷响应，共推唐王朱聿键监国南京，各路人马纷纷向南直隶一线挺进。