最后王鳌永被军士搜获，被赵应元一刀砍下了脑袋。

赵应元的收复青州，并不是为了重建大顺地方政权。其实，这个时候，就算是傻子也看得出来，进北京之后闯军大肆抢掠百姓，勒索官员，已经将天下间所有的士人得罪干净。而且，一片石大败之后，能战的野战军团又丢了个精光，灭亡已经到计时。又有谁肯再坐在这条注定要沉的船上呢？

而且，杨王休则人虽然投降了闯军，可好歹也是个知识分子，当初从贼也是逼不得以。到了赵应元身边之后，以他的能说会道逐渐影响到这支部队，最后还说服了赵营元投降明朝。

据侦缉厂当年的密报上说，赵应元拿下青州之后，道：“我也不愿做皇帝，只是扶立明朝一人。”

为了发动青州百姓，他决定拥立衡王，定于十月初八日扶衡王坐殿登基称帝。

可惜这位衡王却是个脓包，他在七月间已在王鳌永招诱下向清廷献上降书，惟恐赵应元拥戴复明将召来杀身之祸，受到赵应元拥戴之后只知道不住涕哭，眼肿如桃，叫赵应元手下直感一阵晦气。

赵应元为了增强抗清力量，在青州四门竖旗招兵：有马给银四两八钱，骡兵给银三两八钱，步兵一两八钱，外加一钱。

有了明朝和衡王这面大旗，山东昌乐、寿光等县的抗清武装首领赵慎宽、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人来青州会商合作事宜。

青州事件发生后，在省会济南的清山东巡抚方大猷惶惶不安，他手头只有兵马六百多人，防守省城还不够，只好请求清廷发真满洲官兵一万，星夜南驰。清廷得报知道事态严重，派梅勒章京和讬、李率泰领兵赶赴山东。

崇祯十七年十月初六日，和讬、李率泰部到达济南，初八日前往青州。早已降清的明青州守备李士元献计智取，他同清廷委任的青州道韩昭宣等官绅暗中勾结，进入青州城内充当说客。李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投清方，由巡抚上疏清廷解释青州之变“只以总督虐民诛之，其余不戮一人，今复以全城归命天子，则通侯之赏可立至矣”。

赵应元毕竟只是个农民军将领，心中可没有什么汉夷之别，也认识不到这场战争对于汉民族究竟意味着什么。

而且，闯军以前和明朝军作战，接受招安什么的也没有任何心理负担。

再加上他手下人马和清军力量对比悬殊，无论怎么看，都是必败的结局。

于是，他就带了甲士数百名出城同清将和讬等会面，双方钻刀歃血对天起誓。当天晚上，赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵，大张酒乐。清军按李士元等约定的计划，伏兵城外。席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，赵军大乱。清军拥入城中，格杀招降余党，青州的反清事件遂告失败。

赵应元一死，部下自然烟消云散，分别投入赵慎宽、秦尚行、郭把牌、翟五和尚手下。

后来，这几支部队在清军的清剿下坚持不住，都退入鲁南山区。