就在孙元从开封撤兵回凤阳休整的时候，清兵主力还在河北、山东劫掠。

孙元甚至还动过是不是带兵过黄河和建奴作战的心思，可他很快就打消了这个念头。

一来，部队还要在开封赈济百姓，修筑河堤坝；二是，周围都是泽国，根本就没有后勤可言，只要部队一过黄河，走不了两天就会饿得走不动。至于以兵就食，河北全是建奴，地方已染残破，根本就得不到任何补充；第三，他和马士英这次出兵，可以说将整个南京的兵力都等抽调一空。如今，南京已经空虚。南京乃是大明朝的财赋重地，若这里有个三长两短，那才是彻底没希望了。

之所以退兵凤阳，最重要的原因是张献忠来安徽了。

就在李自成正忙着攻击略襄阳，准备建立政权的时候，张献忠已经在安徽潜山天堂寨山区扎下根来了。并乘孙元和马士英北上讨伐刘超，将南京地区的部队和粮秣抽调尽数带走的时机，跃跃欲试，有东犯的架势。

南京大震，兵部急令庐州总兵黄得功和寿州的总兵官刘良佐率兵攻打潜山地区。

这两支部队根本就没有任何战斗力，如何是张献忠的对手，一开始很吃了些败仗。不过，张献盅手下的革左五营见李自成在河南干得不错，前途一片光明，竟率部离开八大王投奔李自成去了。

革左五营的离去让张献忠措手不及，实力受损很大。于是，在安徽西南部战场采取了守势，和黄得功、刘良佐对峙。

马士英和孙元这次回师，主要任务是参加安徽西南战事，击退张献忠部。

在凤阳休整了十来天之后，大军又开始再次南下。

孙元和马士英的计划是，大军用半个月时间先开到桐城，然后驻军安庆这个战略要点，先扼守住南京西面的门户，伺机与张献忠决战。

可这个时候又出了意外，部队都已经打得累了。尤其是南京和庐凤军，走起路来却分外地满。原计划半个月的行程，一个月还没走到地头。

到了崇祯十六年二底才到了桐城，这个时候，张献忠连鬼影子都看不到了。只剩下一脸喜气的黄得功和刘良佐二人，一见了马士英就来报喜，说是幸赖三军用力，上下一心，已经击溃贼军主力。如今，张贼已经率部西逃，南京安全了。

孙元和马士英心中奇怪，这两人什么时候这么能打了，竟然击溃了张献忠主力？

下来一打听，顿时哭笑不得。其实，张献忠早在一月份的时候，在知道李自成正在攻打襄阳的消息之后，就有意出兵湖广抢些好处。这个时候的湖广已经相当空虚，到处都是民变，大明朝的统治已经名存实亡了。

再加上革左五营投奔李自成之后，他实力受损巨大。一听到宁乡军全力来功，八大王知道孙元的厉害，不敢和扬州镇军交战，索性走他娘的。