四年初，不出所料，福建塘报八百里加急递传京师。海防游击五虎大将军郑芝龙因与福建巡抚李貌不和，兵变。李貌畏罪，携款逃亡南洋。

朝廷议策，急召正在湖南平息暴乱的户部尚书毕自严回京。朝廷何以会召毕自严，是因他善水战，并有经验。

天启元年，清兵打下辽阳，关内告急。朝廷令毕自严担任天津巡抚，整备海防。熊廷弼经略辽东，建“三方布置”之策，天津为其中重要一方，毕自严兼领京东防卫。他用戚继光遗法，设置水军，修造战舰，沿海设置炮台，亲自主持水军练习陆战，使天津武备大大增强，成为辽东前线的可靠后方、北京坚固的屏障。不久，天津督饷侍郎出缺，朝廷进毕自严右都御史、户部左侍郎，催督辽饷并兼领天津巡抚，直到天启五年。

毕自严万历二十年弱冠时进士及第，授松江推官。他年少有大才，尤善于综理复杂的经济事务。先后任刑部主事、工部员外郎、淮徐道参议、河东副使、洮岷兵备参议、陕西右布政使，泰昌元年升为太仆寺卿，跻身九卿之列。

朱由检登基之后，毕自严先后出任过兵部尚书，吏部尚书。三年，温体仁借李林贵案，抓住首辅周延儒的把柄，将其赶出京师，温体仁把持内阁，改武英殿，吏部尚书。毕自严改户部尚书。

崇祯四年初春，京师无雪，人说“大雪兆丰年”，一个冬天没有下雪，四年恐又有旱灾，京师笼罩在阴霾之中。年开头，福建又有兵获，朱由检气得吐血，几经调理才稍微康复。

毕自严风尘仆仆赶到紫禁城，却听说首辅欲对福建用兵，毕自严伏倒在大殿之上，嗷掏大哭，皇帝好言慰之，询问计将安出。

不料毕自严指着温体仁的鼻子大骂奸臣误国，庙堂为之哗然，清流拍手称快。[ 超多好]

“民日月告凶，旱潦存至，师旅所处，疫蔓为殃，上干天地之和，下丛室家之怨。辽东兵凶，西北祸乱，湖南又起民变，今欲对福建用兵，兵饷两缺，将从何出？”

毕自严认为应该重新起用邹维涟，与郑芝龙和谈，促成南海稳定。温体仁自然不会同意，他怕和谈来和谈去，捅出与李貌之间的交易。李貌是逃跑了，到时候牵连到温体仁，福建的祸首还得温体仁担待。

再说用李貌出任福建巡抚，是温体仁一力举荐的，他不愿意承认用李貌是个错误，只一味咬定是郑芝龙心存反心，图谋不轨，必须弹压。

兵部尚书梁廷栋是温体仁提拔的人，也响应温体仁的号召，主张对福建用兵，请增天下田赋，在旧增五百二十万两之外，再增新饷一百六十五万。

朱由检对郑芝龙造反愤怒异常，不愿和贼人妥协。妥协不容易，我大明泱泱大国，太丢面子。故批准兵部尚书所请。

毕自严条上十事，提出补救措施，请崇祯注意百姓已到了家家悬釜的境地，请酌减天下赋税，以使小民有升斗之蓄。当然，他的意见崇祯皇帝无法接受。

朱由检召毕自严回来，是因为他善理财，要他想办法筹钱。赵谦那样杀鸡取卵的干法，朱由检不觉得好，虽得了四百万军饷，却使首辅换人，朝中牵连，几乎血流成河。而且朱由检感觉到，温体仁做首辅之后，朝政情况更糟，但是他也没有办法。觉得毕自严靠得住些，就叫他回来主持财政，却不料毕自严一回来却挑起了另一轮党争，朱由检心中非常不高兴。

温体仁与幕僚商议，认为毕自严摆出一副为民做主的样子，是想拉拢清流，周延儒旧党，窥欲首辅之位，必须铲除之。