然而，对政治十分敏感的大臣们，还是嗅出了其中的微妙变化。

九月十四，右副都御史杨所修再次上书弹劾魏忠贤的亲信兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、太仆寺少卿陈颍等人。又是一些无关痛痒的事。遭到弹劾的崔呈秀等毕竟心虚，陆续上书请求回家辞官守制，皇上下旨慰留，不允所请。被斥为漫无主持的周应秋也上书请求罢免，皇上也下旨慰留。

这些举措，令老奸巨滑的魏忠贤如堕云中，不知道皇上究竟意欲何为，真所为丈二和尚摸不着头脑。为了试探虚实，他在九月二十五向皇上乞求停止为他建造生祠的活动。为了此事，不识字的魏忠贤特定命亲信代他写了一本奏疏呈给皇上，崇祯看了奏疏，提笔批复道：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”从这些话中揣摩，皇上对魏衷贤的建生祠似乎采取既往不咎的态度。其实不然，这不过是权宜之计，帐还是要算的，只是时候未到。

阉党分子当然不会甘心束手就擒，这场权力斗争涉及到每个人的身家性命，他们必须要在这场政治赌博中继续押下赌注。最引人注目的事件便是吏科给事中陈尔翼以攻为守倒打一耙。他在给皇上的奏疏中，抓住前几天南京通政司杨所修弹劾崔呈秀、周应秋之事，大做文章，斥之为“播弄多端，葛藤不断”，归结为“东林余孽遍布长安，欲因事生风”。他请求皇上下令东厂、锦衣卫等严加缉访，企图再度造成恐怖气氛以限制舆论。

这种明目张胆的反扑意在把水搅浑，以党派门户之争的表象来掩饰阉党擅权乱政的真相。对于这一棘手的政治敏感话题，采取简单反对的方式是无济于事的，崇祯的表态恰到好处，他以表面上不偏不倚的其实柔中有刚的态度，果断地制止了这一企图。他批示道：“群臣流品，经先帝分别澄汰已清，朕初登御极，嘉与士大夫臻平康之理，不许揣摩风影，致生枝蔓”。

崇祯在驳斥了陈尔翼缉拿“东林余孽”的主张的同时，嘉奖魏忠贤、王体乾赞襄登极典礼之功，给他们的亲属荫锦衣卫指挥佥事；几天后又以表彰东江之功，给他们的亲属荫锦衣卫指挥同知。

虽然稳住了魏忠贤，阉党份子依然意识到了危局，大肆迫害被怀疑会对自己不利的大臣，一时京师血雨纷飞，许多重臣因此丧命。此时的境况，远遁陕西的洪承畴得闻，暗呼侥幸，幸好跑得快。

朱由检和性命不保的文官集团那边也意识到矛盾已经无可调和，决定发起总攻。一份无名小辈的奏折在某些人的指使下飞上了朱由检的御案。这份奏折劾魏忠贤十大罪状：一，并帝；二，蔑后；三，弄兵；四，无二祖列宗；五，克削番封；六，无圣；七，滥爵；八，掩边功；九，晙民；十，通关节。

这道奏疏虽出自一个小小无名之辈，写得却极深刻，崇祯阅后击节赞叹，当即召见魏忠贤，命他听内侍朗读，内侍尖细的声音，每一句话都刺中魏忠贤的要害，令他震恐丧魄。从皇帝那里告辞出来后，急忙去找他的赌友、先前信王府太监徐应元，商量对策。这个不可一世的大人物，此时低声下气地与徐应元称兄道弟，送以珍宝，希望他帮忙。徐应元替魏忠贤出了一个主意：辞去总督东厂提督太监之职，暂避锋芒。于是，十月二十七魏忠贤便向皇上提出了辞呈。

崇祯对这几天接二连三的弹劾奏疏一概不表态，乃是和一种引而不发的策略。迫使忐忑不安的魏忠贤自己表态。果然不出所料，魏按捺不住，向皇上提出”引疾辞爵“。事后，崇祯知道这是他身边的太监徐应元出的点子，一面斥责徐应元，把他贬到显陵当差；一面迅雷不及掩耳之势在十一月初一作出了勒令魏忠贤到奉养祖陵司香的决定，粉粹了魏阉企图继续留在宫中徐图进取的幻想。