1534年，穆拉特·雷伊斯随海雷丁·巴巴罗萨前往君士坦丁堡，在那里受到苏莱曼一世（Suleiman I）的接见，并被任命统领奥斯曼舰队。

在君士坦丁堡期间，穆拉特·雷伊斯参与了金角湾（Golden Horn）海军造船厂新战舰的建造工作。

穆拉特·雷伊斯参与了图尔古特·雷伊斯（Turgut Reis）的所有早期海战。

1538年9月25日和26日，他奉命阻止安德里亚·多里亚（Andrea Doria）指挥的神圣同盟舰队在普雷韦扎（Preveza）登陆，成功将其击退至岸边。

9月28日，他参与了主要战斗，并在普雷韦扎战役（Battle of Preveza）中发挥了重要作用，奥斯曼舰队以“Y”形战斗配置获胜，他与图尔古特·雷伊斯共同在奥斯曼舰队的中心后翼作战。

他继续随图尔古特·雷伊斯出征，直到被任命为印度洋舰队总司令。

1570年，穆拉特·雷伊斯率领一支由25艘战舰组成的舰队，负责清理克里特（Crete）、罗得岛和塞浦路斯（Cyprus）之间的海域，为海上封锁和最终征服塞浦路斯做准备。

他还奉命阻止克里特岛的威尼斯人船只驶往塞浦路斯，以防支援岛上的威尼斯军队。

他一直执行这项任务，直到威尼斯在塞浦路斯的最后据点法马古斯塔（Famagusta）投降。

1586年，他率领巴巴里海盗首次远征大西洋（Atlantic Ocean），并攻占了数个加那利群岛（Canary Islands）。

在攻击中，他俘获了兰萨罗特岛（Lanzarote）的西班牙总督，后将其赎金放回。

随后，穆拉特·雷伊斯被派遣负责管控埃及（Egypt）和安纳托利亚（Anatolia）之间的贸易路线，这条线路常受到威尼斯人、法国人和马耳他骑士（Maltese Knights）的袭扰。

1609年，他得知有一支由法国和马耳他组成的联合舰队，包括装备90门大炮、被奥斯曼称为“红色地狱”（Red Inferno）的着名大船“加莱昂纳·罗萨（Galeona Rossa）”。

在塞浦路斯岛附近活动，指挥官是一位名叫弗雷西内（Fresine）的骑士，遂前往交战。

在远近炮击中，他成功重创了“红色地狱”并将其俘获，缴获了法马联军的10艘战舰中的6艘，以及500名士兵、160门大炮和2000支火枪。

在战斗中，穆拉特·雷伊斯受了重伤。

同年，他参与了弗洛尔（Vlor?）的围攻，并在此期间去世。

根据他本人的遗愿，他被葬在罗得岛的穆拉特·雷伊斯清真寺（Murat Reis Mosque）墓地，该清真寺因他而得名。