在公元1185年的第三次入侵中，岛屿再次被西西里王威廉二世（William II of Sicily）占领，但很快被伊萨克二世·安杰洛斯（Isaac II Angelos）夺回。

在拜占庭帝国解体的过程中，岛屿被热那亚海盗（1197–1207）占领，随后被威尼斯驱逐。

公元1214年，科孚归属伊庇鲁斯的希腊统治者（Greek despots of Epirus），并于1259年作为嫁妆赠予西西里国王曼弗雷德（Manfred of Sicily）。

曼弗雷德于1267年去世后，科孚归属于安茹家族（House of Anjou）。

因此，科孚成为由法国的安茹王朝（Frankish Charles of Anjou）建立和统治的阿尔巴尼亚安茹王国的一部分。

在此期间，岛屿遭受了各种冒险者的严重侵扰。

科孚岛是欧洲最早有罗姆人（Romani）定居的地方之一。

约在1360年，建立了一个名为Acinganorum的封地，主要是罗姆人农奴。

从1386年起，科孚被威尼斯共和国控制，1401年获得正式主权，并一直保持直到1797年的法国占领。

科孚岛成为Filiki Etaireia活动传播的中心通过约阿尼斯·卡波迪斯特里亚斯（Ioannis Kapodistrias）和狄奥尼修斯·罗马斯（Dionysios Romas）等贵族，在希腊侨民和欧洲各地的亲希腊社会中传播。

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从中世纪到17世纪，科孚岛（Corfu）被认为是欧洲国家对抗奥斯曼帝国的堡垒，成为欧洲最具防御性的地方之一。

岛上的防御工事被威尼斯共和国用来抵御奥斯曼帝国的侵入。

科孚岛多次成功抵御了奥斯曼的围攻，直到拿破仑战争后转为英国统治。

科孚（Kerkyra）在整个亚得里亚海被称为“威尼斯之门”时期（整个亚得里亚海为威尼斯湾）从1401年到1797年一直处于威尼斯的控制之下，尽管数次受到奥斯曼海军和陆军的袭击，并经历了1537年、1571年、1573年和1716年四次显着的围攻。

在这些围攻中，城市防御力量一次次展现出强大。

威尼斯强大的防御工事，以及一些老拜占庭城堡（如安杰洛卡斯特罗（Angelokastro）、卡西奥皮城堡（Kassiopi Castle）、加尔迪基（Gardiki）等）的坚固，是科孚岛能够保持自由的重要因素。

威尔·杜兰特（Will Durant）声称，科孚岛之所以成为希腊少数未被奥斯曼征服的地区之一，归功于威尼斯共和国。

奥斯曼帝国多次尝试占领科孚岛，首次是在1431年，当时奥斯曼军队在阿里·贝伊（Ali Bey）指挥下登陆。

奥斯曼人试图攻占城市堡垒并掠夺周边地区，但被击退。

1537年的科孚围攻是奥斯曼帝国首次大规模围攻。