为了削弱日益强大的威尼斯，皇帝向安科纳（Ancona）、热那亚（Genoa）和比萨（Pisa）等海洋共和国提供了大量商业支持，使与已在亚得里亚海上占据主导地位的威尼斯共存变得越来越困难，甚至将该海域重新命名为“威尼斯湾”。

1171年，皇帝决定驱逐君士坦丁堡的威尼斯商人，新的战争爆发，最终以恢复现状告终。

在12世纪末，威尼斯商人的商业往来扩展至整个东方，他们可以依靠庞大而稳定的资本。

与意大利其他地区一样，威尼斯在12世纪经历了导致市政时期的变革。

在这一世纪，公爵的权力开始下降：最初仅由少数法官支持，1130年决定将后来的威尼斯大议会（Great Council）——智慧委员会（Consilium Sapientium）置于公爵权力之旁。

在同一时期，除了驱逐神职人员参与公共生活外，还建立了新的机构，如四十委员会（Council of Forty）和小委员会（Minor Council），在公爵的就职演说中，他被迫宣誓效忠共和国，称为公爵誓言（promissione ducale）。

因此，威尼斯市（Commune of Venice）开始形成，旨在规制公爵权力的各类议会逐渐成型。

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在12世纪，威尼斯由于其在东方的商业利益决定不参与十字军东征，而是集中精力维护其在达尔马提亚的领土，这些领土屡次受到匈牙利人的围攻。

局势在1202年发生变化，当时公爵恩里科·丹多洛（Enrico Dandolo）决定利用第四次十字军东征的机会来结束扎达尔战争（Zara War），次年，经过二十年的冲突，威尼斯征服了扎达尔，赢得了战争，重新控制了达尔马提亚。

然而，威尼斯的十字军舰队并未止步于达尔马提亚，而是继续向君士坦丁堡进发，于1204年围攻该城，从而结束了拜占庭帝国的统治，正式使威尼斯成为一个独立国家，切断了与前拜占庭统治者的最后联系。

帝国被分裂为十字军国家，威尼斯从中获得了摩雷亚的众多港口和爱琴海的多个岛屿，包括克里特岛和伊维亚岛，形成了“海上国”（Stato da Màr）。

除了领土的征服，公爵还获得了东罗马帝国四分之一和一半的领主称号，从而有权任命君士坦丁堡的拉丁宗主教，并有可能派遣威尼斯代表参加东拉丁帝国的政府事务。

第四次十字军东征结束后，威尼斯将精力集中于征服克里特，这一过程一直持续到1237年。

威尼斯对东部贸易路线的控制愈加紧迫，这导致与热那亚的冲突增加，1255年爆发了圣萨巴斯战争。

1258年6月24日，两共和国在阿克雷（Acre）交锋，最终以威尼斯的压倒性胜利告终。

1261年，尼西亚帝国（Empire of Nicaea）在热那亚共和国的帮助下成功解散东拉丁帝国，重新建立了拜占庭帝国。

威尼斯与热那亚之间的战争再次爆发，经过一系列激烈的战斗，战争于1270年以克雷莫纳和约结束。

1281年，威尼斯在战斗中击败了安科纳共和国，1293年，威尼斯、拜占庭帝国和热那亚之间爆发了新一轮战争，此次战争在库尔佐拉战役（Battle of Curzola）中以热那亚的胜利告终，并于1299年结束。