伊莎贝拉在分娩时去世, 这使得葡萄牙在西班牙的统治野心受到了打击，这一野心自费迪南德一世（Ferdinand I）统治时期（1367-1383）以来就一直存在。

曼努埃尔一世和伊莎贝拉的幼子米格尔·达·帕斯（Miguel da Paz）被封为阿斯图里亚斯王子（Prince of Asturias）、葡萄牙王子（Prince of Portugal）和赫罗纳王子（Prince of Girona），使他成为卡斯蒂利亚、葡萄牙和阿拉贡的法定继承人，直到他在1500年去世，年仅两岁，这也终结了天主教双王和曼努埃尔的野心。

曼努埃尔的下一任妻子是阿拉贡的玛丽亚（Maria of Aragon），她是第一任妻子的妹妹。

他们的两个儿子后来成为葡萄牙国王。

玛丽亚于1517年去世，但这两姐妹还有另外两个姐妹存活，她们分别是1479年出生的卡斯蒂利亚的乔安娜（Joanna of Castile），她嫁给了菲利普大公（Archduke Philip，马克西米连一世的儿子），并生下了查理五世（Charles V），后者最终继承了西班牙及哈布斯堡的领地。

查理五世章节有详细记录。

另一个姐妹是阿拉贡的凯瑟琳（Catherine of Aragon），亨利八世（Henry VIII）的第一任妻子。

在玛丽亚去世后，曼努埃尔又娶了她的侄女，奥地利的艾伦诺尔（Eleanor of Austria）。

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曼努埃尔一世之死。

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1521年12月，在里斯本爆发黑死病疫情之际，曼努埃尔一世和他的朝廷仍然留在里贝拉宫（Ribeira Palace）。

12月4日，曼努埃尔开始出现高烧的症状，到11日时已完全无力。

1521年12月13日，他去世，享年52岁。

他的继任者是他的儿子葡萄牙的约翰三世（John III of Portugal）。

次日，他的遗体被装在黑色天鹅绒覆盖的棺材中，运往里斯本的贝伦区（Belém），后面跟随着大量哀悼者。

他暂时被埋葬在雷斯特洛教堂（Restelo Church），而阿维斯王朝（House of Aviz）的皇家墓室则设在热罗尼莫斯修道院（Jerónimos Monastery）内。

葬礼由王国中最显赫的四位贵族主持，分别是布拉干萨公爵（Duke of Braganza）、科英布拉公爵（Duke of Coimbra）和维拉雷尔侯爵（Marquis of Vila Real），仅有皇室家族和葡萄牙贵族参加，仪式为私人性质。

其遗骸于1551年转移至热罗尼莫斯修道院，与他的第二任妻子阿拉贡的玛丽亚（Maria of Aragon）一同安葬。