杨鹤，初任雒南知县，后调往长安升任御史，上书请太子在东宫里接受教学。当时，寿宁公主的女婿冉兴让被掌家宫女梁盈女、宦官彭进朝等殴打、欺辱，公主多次告状告不到神宗跟前，冉兴让把衣冠挂在长安门上就走了，杨鹤听说了之后，非常愤怒，便将这件事告诉皇帝：“近来，皇上的爱女被宫中的奴才欺负，驸马爷在街市上受人毒打，到宫中告状告不进去，上书也到不了皇上手中，上下情况不通真是到了极点！”

后来，杨鹤外出管理两淮盐法，巡按贵州。贵州跟乌撒接壤，乌撒距离四川南部的叙州有一千里，很难管制，而效良的父亲绍庆又占据着沾益州，这两处地方都是四川、云南、贵州的咽喉地。于是，杨鹤奏请把乌撒割出，归入贵州，这样距离近好管一些，可以消除后患，朝廷讨论时竟然决定不下来。由于贵州的土地、户口、贡赋等都没有账目可查，杨鹤传令宣慰安位把情况都登记注册，连同首领、目把、主名，承袭的源委，都上交给了有关部门，从此以后贵州的簿牒才明朗化，有弄虚作假的情况也容易查对了。事后，杨鹤不等朝廷批准径自回乡去了，很久以后才回朝。

杨镐的四路辽东军战败后，杨鹤推荐熊廷弼、张鹤鸣、李长庚、薛国用、袁应泰等人，并且上书分析了辽东军事战败的原因，由于杨鹤的说话太直，受到当时大官的讨厌，大官们打算借别的事把杨鹤赶走，杨鹤于是自己称病离开了。正好杨鹤父亲去世了，依律杨鹤居家守丧，朝廷起用杨鹤为太仆少卿，又提升为右佥都御史，让他去巡抚南安、赣州。杨鹤尚未上任，母亲又死了，广宁的战事又失败了，魏忠贤因为杨鹤庇护过熊廷弼，把他给除了名。

朝廷召杨鹤出任左佥都御史，又提升为左副都御史，杨鹤便提出了自己的建议，他称：“谋求天下大治的要领在于培植元气。自从进行大规模战争、兵役以来，经常不断地对下边进行加派，目前公私财力交困，百姓的元气受到了伤害。自从辽左、贵州、四川兵败失控后，暴骨成丘，封疆的元气受到了伤害。自从朝廷里缙绅结党，彼此倾轧以来，谋逆的宦官乘机出来，打击好人，士大夫的元气受到了伤害。现在的国家就如同大病初愈，身上脉络还没调养好，风邪病毒容易侵染，治理的办法在于培植元气。”当时人们把他的这些话当成了名言。

当时，白水有一个叫王二的人出来纠集群众，用墨汁涂了脸，闯进澄城，杀掉了知县张耀采，至此其他盗贼也蜂拥而起。第二年，陕西总督武之望死掉，很长时间廷臣都没人肯去接任，大家都推杨鹤过去。崇祯皇帝召见杨鹤，向他询问治理方略。杨鹤回答说：“清慎自持，抚恤将士而已。”崇祯于是任命杨鹤为兵部右侍郎，让他接替武之望总督陕西三边军务。杨鹤到任时大梁、大旺、王二已被铲除，但是跟着起来的贼寇更多了。

杨鹤接任总督后，王左挂等攻打宜川，被知县成材打退，转攻韩城，韩城官军没有将领，杨鹤任命参政洪承畴领兵抵御，俘获、斩杀了三百多人，韩城之围解除了，贼兵前往清涧。杨鹤接连上书朝廷请让各位大将返回驻地，没有结果，就起用了原先的将领杜文焕出来任职。延安知府张辇、都司艾穆在延川进逼贼兵，收降了贼首王子顺、张述圣、姬三儿，另外贼首王嘉胤洗掠了延安、庆阳，杨鹤将此事隐瞒下来，没有上报。杨鹤又给降贼王虎、小红狼、一丈青、掠地虎、混江龙等颁布免死文书，把他们安置在延绥、河曲一带，致使这些贼兵照旧奸淫、抢掠，当地官府却不敢过问，贼寇的祸乱就这样造成了。

贼寇造成的祸乱越来越严重，王嘉胤打下黄甫、清水、木瓜之后，又攻占府谷，贼首神一元攻占了新安、宁塞、柳树涧等城堡，又将杜文焕的多数族人杀了，而神一元的弟弟神一魁又围攻庆阳，打下了合水，杨鹤得知后马上移驻宁州，神一魁接受招安，杨鹤把他送回合水交给知县蒋应昌。其他贼首见后也先后归降，杨鹤在城楼上摆了一张皇上的座席，让这些贼首跪拜，口喊万岁，然后宣读皇上的指示，命令他们发下誓言，或归伍，或归农，永不做贼。这些贼首假意答应了，杨鹤马上就赦免了他们的罪行，于是群盗都把杨鹤这个总督看作儿戏。杨鹤又因为神一魁的势力最强大，就把他的女婿请到军帐中，同吃同住，神一魁果然来降，杨鹤列举他十大罪状，神一魁就磕头请罪，杨鹤就宣读诏书赦免了他，给他封了一个官职，把他的部队四千多人安排在宁塞，派守备吴弘器防护他们。当时，将军杜文焕对此十分愤愤不平，带着他的族人离开了。

神一魁的手下茹成名特别桀骜不驯，杨鹤命令一魁在耀州诱杀了茹成名，他的同伙们这下犯了疑心，胁迫着神一魁反叛了，御史谢上宾便上书弹劾杨鹤蒙骗朝廷，朝廷把他的奏疏交给巡按御史吴甡加以核对后汇报，吴甡上奏说杨鹤主张招安，误国不浅。崇祯帝恼了，把杨鹤逮捕入狱，判为充军袁州，死在充军的驻地，他的儿子杨嗣昌请加以抚恤，崇祯帝恢复了杨鹤的官位，但不加优恤。

杨鹤早先因为尤世禄在宁夏的大捷，升任兵部尚书、太子少保，荫封子孙世袭锦衣千户，朝廷评论贺虎臣在宁夏大捷的功劳时，给杨鹤追加官衔为太子少傅，又因为评论甘肃的战功，任命杨鹤的一个儿子入官。