成国公朱希忠去世，其弟左都督掌锦衣卫事朱希孝，贿赂宦官冯保为其兄乞封王号，当时首辅张居正持赞成意见，时任吏部验封司郎中的陈有年认为朱希忠无功，这样的封赠不合制度，即上疏反对，当时陈有年仅是五品官员，足见其胆略非凡。后诏下追封朱希忠为定襄王，陈有年当天即以病乞休，张居正为此大怒，此后十年不再起用陈有年。张居正去世后二年，皇帝才下诏起用陈有年为稽勋司郎中，不久调任文选司郎中。

陈有年，任文选司郎中时，于清官海瑞有知遇之恩，文选司主要负责朝中官员的考察、选拔，是吏部最重要的权职机构，司郎中则掌文选司选授大权。海瑞为官清正，曾打击豪强，推行“一条鞭法”，人称“海青天”，后因得罪权贵而辞官。万历帝登基后，海瑞欲求复出，但张居正认为海瑞轻率躁进不值得起用，陈有年大胆举荐海瑞，此时，海瑞在乡闲居已达16年之久了。海瑞复官后先后任南京右佥都御史、南京吏部右侍郎，任职期间他力查循私受贿，严惩贪官污吏，朝野上下一时正气浩然。

陈有年升为右佥都御史，巡抚江西，当时江西每年贡京的陶瓷数以万计，而宫廷尚方司官员需要的陶瓷多奇巧难成，陶工不堪其苦，后虽下诏允许减量，但每年实际所索数量仍如故，陈有年数次上疏请减，得到了内阁大臣申时行的支持，江西贡瓷终于减免了十分之三，此举不但减少了铺张浪费，也使陶工获得了生路。

江南大灾，疫病流行，诏令江南诸省各为其土谋其私禁，当时有很多商船集聚于江西，其中以徽商为多，因禁私令而不能贸易，时江西宁州等十九州县已是饿殍盈路，流民充斥，陈有年数次上疏力陈“济急六事”，请皇帝下旨迟缓先前的禁令，允许徽商在江西贸易粮谷，以使江西数十万灾民得以保命。事后，南京御史方万山却以“违背诏令”之罪弹劾陈有年，陈有年被夺官职，返乡归田。

万历帝知道了陈有年在江西救济黎民的真相，下旨起用陈有年为南京右佥都御史兼管巡江，又提拔为刑部右侍郎，不久改为吏部右侍郎。陈有年与温纯共同主持对京官的大察，所黜官吏都是贪鄙邪佞之辈，朝中群臣均佩服他的作为。这一年秋天，尚书孙鑨告归，陈有年被推选为吏部尚书，陈有年掌吏部事务后，平时就住宿在吏部官廨，会客也在吏部公堂，他不徇私情，拒绝请托，史载“片楮不及私门”，朝中权贵见此，就纷纷知难而退了。

一年后，陈有年把刚刚坐上的尚书职位给辞了，他的辞官仅是为了给后来成为“东林八君子”之首的顾宪成打抱不平。首辅王锡爵年老引退，神宗命吏部根据官员品望推选阁臣，陈有年与侍郎赵参鲁、文选司郎中顾宪成合拟了七人名单上报给神宗亲裁。不料，吏部所提名的人，大多是神宗所讨厌的，尤其是曾因“争国本”去职的王家屏及致仕吏部尚书孙鑨、左都御史孙丕扬三人，神宗认为孙鑨、孙丕扬不是翰林出身，入阁不合先例。遂训斥吏部有“徇私”做法，并在吏部的奏疏上朱批了“司官降杂职”五字，就把文选司郎中顾宪成的职务革掉了。

朝中有不少官员上疏恳请皇帝恢复顾宪成的职务，不料神宗却一意孤行，将这些官员分别外放、降调、削职，顾宪成则以“忤旨罪”削职为民。陈有年认为顾宪成孜于国事，不应获罪，即使吏部有所不当，责任也应当由他来承担，他上疏道：内阁大臣由朝廷推举，源于旧制，臣的家乡以前就有二位阁臣，弘治时的谢迁与嘉靖时的吕本，都是朝廷推举的，入阁前官衔也止于四品，此事并不是吏部今日所创，再说不拘资格品级，是出于皇上的圣谕，吏部怎敢不遵奉呢？随后陈有年称疾乞归，请求皇帝在自己卸职后，能起用顾宪成一类忠贤的官员。万历帝看到奏疏后，下谕旨再三挽留，并赐给食物、羊酒等，但陈有年归心已决，他在吏部杜门不出，数月中上请辞疏十四道，万历帝只好准予他告老还乡。《明史》“陈有年传”记载了陈有年辞官时仅随带“书一箧、衣一笥”，回乡后“身栖僧舍”等事，不禁令人称奇，整天敝冠汗衣，若不了解他的人，断然不会知道这就是曾经名振京城的尚书爷。

在云楼乡大江口坝上运河十八里，老弱的陈有年亲自督工，这里正在营建的是姚江运河大闸，这是由陈有年与同里周思宸等人出资创建的，当时仅运河坝基的椿石就打了半年，共耗铜钱百二十千缗，数年后，坝闸俱成。坝以过船，闸以蓄水，上保运河，下卫潮路。《光绪余姚县志》还记载：在云楼新坝之南，曾有“姚江西界第一桥”，为陈克宅初建，陈有年出资重修。从这些资料来看，我们就不难明白陈有年官俸的去处了，他毕竟是个官界的奇人。

陈有年卒，赠太子太保，谥恭介，留有《陈恭介公文集》。据《乾隆余姚县志》引《万历县志丛谈》记载：万历二十六年正月既望，在陈有年寝屋旁居住的一位堂倌，在半夜三更时，听到车马杂沓声，他起身从门缝向外偷窥，只见笼火隐隐，不下数十人马从骢马桥而来，上下桥址间呼声甚澈，到了鸡鸣前，又有车马声往返杂沓如初，堂倌不知是何路官人深夜过访，第二天早上走问乡邻，乡邻都说没有此事，后再打听，才知老尚书陈有年去世了。

陈有年，字登之，号心谷，明朝浙江余姚人，与余姚孙鑨，平湖陆光祖并称为“浙中三贤太宰”，历任刑部主事、吏部主事、验封郎中、吏部尚书，一生风节高尚，天下公认。