商节的父亲名叫伯永，洪武年间任职义乌县学医学训导，擅长号脉处方，商节得到父亲传授，家学渊博。在父亲指点下读了《黄帝内经》，扁鹊的《难经》，张仲景的《伤寒杂病论》，王叔和的《脉经》，葛洪的《金匮药方》、《肘后救卒方》，陶弘景的《肘后备急方》，孙思邈的《千金要方》和《千金翼方》等许多中医药书籍，弱冠以后，随侍父亲出诊。

商节给人治病重视临床实践，并把自《黄帝内经》以来的病因学说，脏、腑、经络学说融会贯通，同四诊(望、闻、问、切)，八纲(阴、阳、表、里、虚、实、寒、热)等有机地联系起来，总结出一套汗、吐、下、和、温、清、补、消的治疗方法。

当时义乌城里有个财主家的独子，得了水肿病(俗称鼓胀病)，多方延医治疗，药石无效，财主派人抬轿请来商节。商节到了病人的卧榻之前，把手号脉，看他面部呼吸迫促，腹部水肿气鼓，问及大小便，说是下腹急胀，而拉下却很稀少。商节诊断他的病情为脾肾两虚，气积淤滞，停聚不行，导致泛滥横溢而成水肿，因脾虚而饮食难下，因肾虚而水行不畅。

商节写了处方后，财主亲自撮药、煎药，并喂儿子服下，谁知仅过一个时辰药力见效，只听病人腹中有“咕嘲”之声，急着要解小便，且小便色黄量多，顿时腹中似去掉一个包袱般的轻松。商节因此誉满义乌城乡，许多患有疑难杂症的病人都纷纷上门求医，经商节治疗后而痊愈者不知其数。

经知县孔克源举荐，商节选为太医院冠带医士，专为后官纪、嫔和宫女治疗妇科疾病。“流白带”是最常见的妇女病，妃、嫔之中，可谓“十有九带”。商节每次给妃、嫔治疗都辨其颜色、臭味和清浊程度，确诊出引起带下过多的原因。有一宫女，口渴心烦，小便赤涩而有刺痛感，从脉象看心肾虚弱，是因湿邪外侵，气郁而生热，商节诊断后确定这是黄带热症。于是开出一处方：“冬瓜籽三钱，白果十枚。清水煎服。”这个宫女只煎服两帖，病就好了。

明成祖有一个宠纪权氏，肌肤莹洁，体态娉婷，又善吹玉箫，甚得明成祖宠爱，可是她经常头晕，疲困倦怠，太医院里几名太医都给她治疗过，终不见好转。永乐帝常以此为忧，遂命商节给她诊治。商节见她脉缓而弱，观她面色苍白，精神倦怠。诊断为劳倦过度，损伤脾阳，以致脾胃消化功能失常，饮食的精华不能上输为血，反而下陷为带。这个权妃吃了商节开的三帖药后头就不晕了，精神大为好转。永乐帝心中大喜，特赐商节黑驴一匹，加银牌络首。他乘此黑驴就可以畅通无阻地出入皇宫内院。

秋天，永乐帝自觉眼前有如轻烟薄雾，视物昏花并伴有头昏、耳鸣、心悸等症状，特颁诏命商节治疗。商节从号脉中诊断出病因是肝、肾两亏，精血不足，精气不能上输于目所引起。诊断后写了处方。永乐帝服了两帖后，头不昏了，眼不花了，心悸、耳鸣等症状也随之消失。永乐帝十分高兴，擢升商节为太医院判，执掌院事，进阶为承德郎，御笔亲题“医圣再世”四字，命人制成银牌匾额赐赠。

在金殿赐封时，商节向永乐帝当面奏道：“我主体恤民众，皇恩浩荡。洪武初年命各州县立养济院，收养孤寡之人。虽不受啼饥号寒之苦，但有病患无钱医治者仍苦不堪言。恳请皇上颁诏各州县医药局设法就理。”永乐帝闻奏，特令各县惠民药局对军民贫病者给以免费医药。

商节任太医院判后，对后宫中的常见病和多发病进行认真归纳，并将治疗各种常见病和多发病的有效验方叫御药房制成丸、散、膏、丹，如六神丸、雀尿丸、补肝散等，以备急用并相传后世。