由于近来对生化人的奴役越来越严重，因为违背三大定律而被终结的生化人越来越多——这是生化人最大生产厂家也是唯一的合法公司联盟威尔公司始料未及的。这么多的生化人若是要销毁，必定会浪费大量的物资。最后，公司高层决定将这批已经完全失去记忆的生化人再次包装，当做全新的来卖出去。

然而，因为本身技术的不稳定性，抑制生化人的芯片在释放生物毒素时出了bug，在消除生化人一切记忆的同时，也将它的工作程式消除得干干净净。之前的生化人一旦回收，都是直接销毁的，所以没人发现到这一点。

也就是说，威尔公司将一大批拥有巨大能力，却不受阿西莫夫三大定律控制的生化人放了出去。

事件的导火索是一个下级士兵对他买的女性生化人进行性虐待时，那位女性生化人忍受不住折磨，无意间将下级士兵杀死。杀了人却没有得到任何惩罚的女性生化人夺取了这个下级士兵的武器，开始号召起所有的生化人。虽然因为有问题的这批生化人被分得比较散，但事件闹大后，要聚集起那些生化人，并不困难。

于是，各地相继发生血案，为了自由和尊严而战的生化人夺取了大量的军备物资，逐渐发展成一只小型的起义军。

这一支没有任何后援的起义军本当很快就会被镇压下去，但人算不如天算，联盟综合实力排第二的霍洛司尔公司现任掌权人的小儿子爱上了自己的生化人，而那生化人正是不被阿西莫夫三大定律掌控的一批，在逃离后加入起义军。被爱情冲昏了头脑的二世祖为了博得心爱的女人的芳心，不但给起义军提供大量的资金，甚至还利用自己的势力将政府军的动向告知。于是，起义军的势力逐渐壮大，当政府军意识到情况不对的时候，一切已经无法控制了。除了生化人本身，有一小部分人类也加入到了起义军中，为生化人的平等自由而战。

然而，最阴险的不过是政客。眼看着局势一发不可收拾，联盟内的真正掌权者们下达了将所有正常的生化人回收并投入战场的命令。在他们看来，如果起义军不舍得对自己的同类下手，那么这场暴动很快就会被这些依然受三大定律制约的生化人所镇压；若起义军丝毫不在意对同类挥刀相向，与他们来说也没什么损失。

因为每一个生化人的出售都会记录在案，所以此命令一下，韦恩博士立刻意识到不妙。政府下派的工作人员很快到了他的实验室，要他交出爱丽尔。虽然韦恩博士已经说明爱丽尔正进行一项封闭实验，不方便出来，但这一场战斗的严苛性，令原本会给韦恩博士几分薄面的工作人员也强硬地回答不行。

爱丽尔早已经去了古代，离回来的日子还早得很，就算韦恩博士想交人也交不出来啊。这一来一去间，来带人的工作人员终于意识到一丝不对，立刻向上级汇报。联盟里已经有很多人类偏向于生化人，暗地里帮助生化人，说不定韦恩博士也是其中之一。抱着这样的猜想，政府很快派人强行闯入韦恩博士的实验室，却只收获了一具被砸毁的破铜烂铁。

早察觉到不妙的韦恩博士早就已经通过时光机仅剩下的通话功能，了解到了爱丽尔的失忆状况，完成了她的愿望，让她在那个古老的时代自由生存。或许这样说有些古怪，但韦恩博士早已经将爱丽尔当成了自己的女儿一样，在他看来，与其回到这个时代被送上战场，不如在一个陌生的时代自由飞翔。这也算是爱丽尔为他服务了这么多年的一种回报吧。

找不到爱丽尔的政府认为韦恩博士也是生化人的帮凶之一，已经将爱丽尔送至了叛军处。他们将韦恩博士关了起来，连同一大批协助叛军的人类。

这一场战争十分浩大，历时三年。双方各有优势，你来我往，打得难分难舍。不管是人类一方，还是生化人一方，所有人都疲惫不堪。最后，双方达成了停战协议，人类和生化人划地分居，和平共处。

因为战争而被搁置的审判在签订和平协议后也不再进行，因此韦恩博士和其他人在被关了整整三年后，终于得以重见天日。出狱后，韦恩博士依然醉心于他的考古，也找了人类助手。只不过，换了好几个助手，却始终没有找到爱丽尔那样能干的。普通人类，又怎么能跟强化过的生化人相提并论呢？

每当实验的间隙，韦恩博士不经意间的一抬头，似乎都能看到曾经那个安静的身影。这个时候，他总是先怅然地呆上片刻，随即很快就回到他的工作中去。