二，东印度公司承诺在五年期限内，不再对琉球、澎湖一带进行任何形式的殖民举动。

三，东印度公司承认大明在东印度群岛与联省拥有同等的贸易权。

马尼拉事件附加条款，大明百姓（华人），在双方本土与殖民领地内，拥有与荷兰市民同等待遇。

有关赔偿：

一，第二次澎湖海战，东印度承诺赔偿登莱水师三十万荷兰盾，约合三万四千两大明本土流通之官银的相关舰船损失。

二，割让婆罗洲以北文莱、三发两处殖民领地，以及总计约十八万平方公里的土地，作为大明的海外领土。

三，以二十二万荷兰盾的价格，向大明出售南印度锡兰岛，并且立即撤出在锡兰岛上科伦坡城中的全部荷兰士兵。

马尼拉事件附加条款，东印度公司承诺一次性赔偿三百五十万荷兰盾，折合约四十万白银，作为死难百姓的安抚费用。

马尼拉事件详细秘密条款：

一，马尼拉总督马克斯，必须交予大明发落。

二，永久性撤销马尼拉总督一职，荷兰联省将承认旧港王国首都马尼拉城，以自由市的身份，拥有自保卫队，民主选择市长。

三，立即遣返所有马尼拉自由市中所有的日本人、英国人。

四，允许旧港王国另择一地设都，自主选择宗主国。

……

实际上来说，这份合约，两边都是各有心思。

《马尼拉条约》的签订，让大明将开始真正在东南海域有了自己的管理体系，往远了说，这更是在逐步体现自己在远东的霸权地位。