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十月末。

有两个新衙门成立。

一个是内廷太医院卫生司。

另一个是户部审计司。

内廷太医院卫生司负责全国卫生，主管防疫，首任郎中由瘟疫名家吴有性担任。

吴有性虽然是一代名医，最早认识瘟疫，并写出了《瘟疫论》，但他没有功名，照明制，是没有办法做官的，为此，朱慈烺专门在太医院成立了卫生司，以吴有性为主官，如此，吴有性以太医的身份就绕过了没有功名，不能做朝廷官员的障碍。

——虽然就历史来看，崇祯十七年之后，不论是北方的旱灾还是鼠疫，都已经过了高峰期，进入缓和蛰伏期，但朱慈烺一点都不敢大意，就长远来说，一个国家一个朝廷的卫生，其实是仅次于教育和经济的。

对于皇帝“投机取巧”，在内廷成立卫生司，令没有功名的吴有性为主官，却要兼管全国卫生的做法，有一部分官员提出了质疑，但都被皇帝驳回。

“瘟疫如何发生，如何抑制，又如何治疗？吴有性的瘟疫论，写的最为清楚和详实，崇祯十五年来，他一直都在保定地区，冒着巨大的风险，为百姓医治，为防疫之事，献言献策，若没有他的努力，十六年的时候，瘟疫怕就已经扩散到京师了。”

“专业用专才，这是太祖高皇帝的用人之学，朕始终不敢忘。如果你们中间有谁能够推荐，有功名，又精通瘟疫之人，朕立刻就可以撤换吴有性！”

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户部审计司成立，首任审计司郎中，为前詹事府左庶子吴伟业。

作为隆武帝曾经的老师，在朱慈烺刚刚为京营抚军，署理内外之时，吴伟业是出了大力的，虽然他一直嘟嘟囔囔，对朱慈烺所行有所不满，但朱慈烺交给他的任务，从太子府日用到后勤补给，各种账目，各种账目他都整理了清清楚楚，而且任劳任怨，十分的可靠耐用。因此，审计司成立，朱慈烺第一个想到的就是他。

虽然是叫户部审计司，但审计司的直属上级，并不是户部，也不是内阁，而是大明皇帝。

这是隆武帝和内阁诸臣商议，最后定出来的。