浴佛堂的左侧有一根曲折但很平缓的马车道向下通往嫔妃们居住的“六宫区”，当然所谓六宫只是泛称，实际上所有的殿阁都仿效安平古堡的设置称为“院”。各“院”的房舍多寡不一，最少的如贵人、美人级别居住的只有两进不过七八间堂室；高级一点的普通嫔妃居住四五进的院落；贵妃一级可以住七八进的院子，有泳池、浴池、观赏的假山池塘和独立的小食堂；至于皇后、皇贵妃级别的“院”甚至可以多达十余进、七八十间殿室，各种设施无一不包，更有独立的泰西式的花园和中式古典园林错落期间。六宫区还有一座合用的建筑，那就是郑克臧平时和妻妾们共同用餐的地方，郑克臧故意命名为“合食堂”。
除了伺候皇后、嫔妃的侍女是跟着自己的主子居住在各“院”外，其余的女官、女侍都住在第三个建筑群“女侍处”；“女侍处”位于比“六宫区”稍低的位置上，本身是一个有一两丈落差的坡地，其占地面积比“六宫区”还要大一点，甚至还特意开辟出了果圃、池塘等预留之地以备将来扩建之用；此外，“女侍处”内还建有深井、水渠并引来山泉活水形成的小瀑布、小池塘，再加上原本就处在山间松柏、竹林地带，居住环境之优美并不比“六宫区”来得逊色，只是夏季的蚊虫肯定不会少了。
根据不同的级别，“女侍处”的女官、女史、女侍的居住条件也大不相同，高级的女官女史可以有独立的小屋并有低级宫婢打扫伺候，低级的只能挤在排屋大院里跟人共用卫浴，而更低一等的甚至要几个人合一间屋子；好在其中八个厨房都是十二个时辰连续开着的，所以不用自己开伙，任何时候都能吃到热饭，并且洗漱的热水也能随时随地就近获得。
御书房的右侧有一条登山道和一条盘山的水泥平路，具可以通往郑克臧居住的寝殿以及迎娶皇后时必要的交泰殿，不过这两栋建筑的总体占地不大，空间也相对独立，因此算不得上凤凰山离宫的六处主要建筑群之一。
郑克臧的寝殿与六宫区之间是有道路连接的，这条双向的水泥道可以供三辆四轮马车并行，是整个离宫中最主要的交通道之一，而这根交通道在某一节点上分叉，主干道向下通往“皇子居”，支路引申到“女侍处”和宦官们居住的“内侍处”。
跟“女侍处”对等且面积较小的“内侍处”便是离宫中第四个大建筑群落。
至于抵达“女侍处”的支线马车道绕过“女侍处”整片建筑的外围后继续向上延伸便抵达了“六宫区”，而“女侍处”与“六宫区”之间除了这根支线马车道之外，再有就只能通过三个转弯、四十来级台阶的步道了。
水泥马车主干道在通往“皇子居”的过程中，于某处节点再次引出一根支线道路通往离宫第五大建筑群“内库房”。“内库房”内储藏着离宫全部生活用品以及各地皇庄、皇店的供奉，大多数都以金银币的形式封存，只要少部分是实物——这些都是内廷用来赏赐的，特别是年节时，更有大笔御赐物品要进库出库。
经过内库房前广场之后，这根可供两辆货运马车交错行驶的支线道路也一分为二，一根向下直抵离宫的西门，另一根向上盘旋延伸，直至重新回到“内侍处”——离宫内所需补充的供应物资以及一干运输污水、赃物的垃圾车辆都是通过这根道路转运的。
“皇子居”与内庭之间是隔着一道门户的，因此可以算是独立区域，内中建筑不多，可以视为内外之间的过度，这里居住着郑克臧成年但未出嫁的女儿们并且是那些读了幼武学的少年皇子们回京偶尔居住的地方；比他们年纪更小的则跟各自母亲一起生活，至于年纪更大的嘛，则要么出嫁了，要么受封了爵位有自己的府邸，一般就不安排在宫廷里居住了。
离开“皇子居”后，再过一道关防严密的门户，便直抵离宫中的第六大建筑群，即郑克臧上朝所用的勤政殿、处理政务的外书房、实行典礼的离宫广场和徕远殿、紫宸殿以及内廷经理处、支度处、内造局的办公区和内阁、通政院、太医院、翰林院、秘书监、宗正府、弼德院等部分外朝、中朝、内朝的办事机构并皇子、皇女开蒙的书院。
过了环绕离宫广场的金水河则是围绕凤凰山构建的不规则的内宫墙，总的长度约为二十二里，高四丈，但墙体不厚，底部只有一丈宽，顶部只有四尺，设置了内外墙垛之后，只够一人直行或两人侧身交换，因此内宫墙上并未设置任何的敌楼和哨台，只是在大抵对应的位置上开设东西两座牌坊式的仿汉唐式门楼。
内宫墙之外是凤凰山上引下来的活水以及东湖水形成的一圈人工湖，最宽处湖面约有二十丈、最窄处为十二丈，平均湖深为两丈，算是给防御力低下的内宫墙以一定的保障，不过为了保证交通，在东西门楼处各有一道可供四辆四轮马车并行的长堤与外界联通。
护城湖之外是一连串彼此掩护的小型和微型棱堡，作为整个离宫真正的防御体系，就算十几万敌军团团将其围住，守备的禁卫军也可以藉此抵抗三个月至半年时间，因此专门做了防炮设计，据传每次棱堡都可以抵抗五寸巨炮的直接轰击，并且还有专门的仓库储备米、面、豆类、咸鱼、调味品以及马料、火药、铅弹在内的各种军用和生活物资。
部分棱堡之外有内护城湖与东湖联通的水道额外提供保护，当然也有部分棱堡是没有的，但凡是没有形成护城河的棱堡外围都是开阔没有遮掩的草坪，凡是越过的人无一都逃不过棱堡的监视，战时更是要付出绝大代价才能通过。
再有就是外宫墙了，与内宫墙一样都只是形式而已，甚至由于连接东湖湖面，所以并不完整，不过为了防止外人有意无意间闯入，除了在湖堤上设有警戒的哨位以外，还有用荆棘、竹签和碎玻璃在湖堤后做了障碍区，并且还在两翼各设一处码头，驻有禁卫军水师若干东湖巡防船和几条可供游湖的御舟。