姚启圣军权旁落后，为避免施琅独得战功，转而和郑氏王朝谈判。但是施琅主战意志坚决，且负责谈判的刘国轩不接受剃发易服，谈判因此破裂。康熙二十二年五月廿三日，康熙下令施琅尽速进攻，因此爆发六月的澎湖海战。

永历三十三年（台湾沿用永历年号）起，满清实施迁界令，严重打击郑氏王朝的贸易，粮食补给也出现问题，郑经下令每户人家每个月必须多缴一斗米，将领也必须用自己的俸禄充军，仍没办法解除危机。当时英国商馆就如此看待郑氏王朝：“台湾王之境况甚不安定，不易抵抗满清人，满清人常施恫吓，国王因其财富被消耗，故每日向人民横征暴敛，亦不能使军队满意。是以我国不惟受敌人（清军）之威胁，亦恐军队（郑军）因缺饷而叛变。”

永历三十四年郑经退守台湾后，澎湖成为前线要地，防守却很薄弱。直到十月，施琅抵达厦门以及傅为霖为清军内应事情爆发，刘国轩才前往澎湖强化守备。刘国轩抵达澎湖后，在娘妈宫、风柜尾、四角屿、鸡笼屿筑城；东莳、西莳、内堑、外堑、西屿头、牛心山设置炮台。同时在海边建造矮墙并配置火铳，阻止清军登陆。

永历三十七年，刘国轩得知施琅准备进攻，便从台湾本岛调度乡兵到澎湖，并将商船以及私人用船都改为军舰，准备决战。

康熙二十二年六月十四日，施琅从铜山岛出发，姚启圣也拨3000人同施琅出征。十五日郑军哨船发现清军已到花屿、猫屿一带，赶紧回报刘国轩，当晚清军在八罩岛过夜。

十六日施琅进攻娘妈宫，以速度快的鸟船当作先锋。刘国轩让林升、江胜指挥水军；邱辉为先锋，自己在娘妈宫港口督战。当时受风势阻扰，清军不敢前进，只有以蓝理为首的7只舰队突入郑军。

施琅再派出第二波鸟船部队，交战不久后开始涨潮，一些清军船只被海水冲向岸边，郑军趁势将舰队分成两翼包围清军。施琅见状赶紧突入郑军，想解救被围困的船只，却被林升率军包围。施琅在交战中被火铳射伤右眼，不过没有失明；林升也被大炮打断左腿。林升负伤让郑军失去指挥，施琅借机撤离战场，到西屿附近的海上休息。

施琅于十七日返回八罩岛，八罩岛地形险恶，船只遇暴风很容易撞上岛边的暗礁，农历六月又是容易发生台风的时节，施琅却很幸运没碰到台风。刘国轩得知清军在八罩岛休息，亲自进攻却被施琅击退。施琅趁势于十八日占领虎井屿、桶盘屿。

二十二日，施琅决定发动总攻击，将舰队分成三路进攻，剩下约80艘当后援部队：中路：共有56艘船，分成8队，每队有7艘船。由施琅亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。右路：共有50艘船，从东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻郑军。左路：共有50艘船，从内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。

天亮前，开始刮起台风。辰时受台风影响，海上吹起西北风，郑军顺着风势进攻，一时处于优势，清将朱天贵被炮击而死。到了中午，台风受到赤道锋面带的影响，海上开始吹起南风，风向转变成对清军有利。施琅命令全军反攻，顺着风势发射各种火器，并且以数船围攻郑军一船，郑军全面崩溃，江胜战死、邱辉自焚。刘国轩眼见大势已去，率领残余部队从吼门退往台湾，澎湖各岛的郑军都向施琅投降。施琅战胜后，考虑台湾水道非常险恶，进军困难。施琅决定暂缓进攻，采取攻心战术，让郑氏王朝从内部崩溃。施琅派人医治受伤的投降郑军，并配给他们衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢郑军将领为内应，防守淡水的何佑首先私通施琅，其他将领也跟进。

郑军战败的消息传到台湾，人心开始不安。为了延续政权的生存，有将领提出进攻菲律宾，得到冯锡范的同意。却传出远征军只想抢劫，还打算逃往海外，因此刘国轩阻止此计划。后来在刘国轩大力主张下，郑克塽于七月十五日向施琅投降，并于八月十八日剃发易服，正式宣告郑氏王朝的灭亡。

算来台湾已经失守了，可惜那十万汉民了，赵强心情有些沉重，曾几何时，他也动过将台湾的汉民迁移到远东来的念头，但是组建一支庞大的水师却让他只能望洋兴叹。

澎海之战郑军表现只能说一般，为国捐躯者有，不愿投降而自杀的也有，大将战死自焚者更有，但惨烈程度远不及崖山之战来得那样惨烈，那样让人痛不欲绝。

赵强承认，他看澎湖之战的心情与看崖山之战的沉重完全不同，澎湖之战让他觉得遗憾，崖山之战却让他情不自禁落泪。

同样的异族入侵，同样的汉人最后一战！南宋与南明是何等相似，但在民族气节的最后一战上，二者的相差却是天地之别。

南宋朝廷在临安虽然投降蒙元，但福建、两广大片地区仍处在流亡小朝廷的控制之下，李庭芝也在淮东、淮西地区进行着顽强抵抗。但淮东、淮西等地相继失陷，李庭芝战死。景炎元年十一月，元军逼近福州，此时福州有正规军17万，民兵30万，淮兵万人，足可一战，但由于主持朝政的陈宜中胆小怕事，因此小朝廷立足未稳，就又开始了逃亡。离开福州之后，小朝廷只能四处流亡，辗转泉州、潮州、惠州等地。景炎三年春，来到雷州附近。逃亡途中，宰相陈宜中借口联络占城，一去不返。端宗在逃亡途中患病，四月十五日病死，年仅11岁。端宗死后，群龙无首，眼看小朝廷就要分崩离析，陆秀夫慷慨激昂，振作士气：