不过还没等犹豫万分的郑经下定决心，沿着京杭大运河迅速南下的马英兵团就彻底打消了台湾军的最后一丝幻想。
紧跟着皇帝南下的脚步，公元一六八九年三月初，汉中原兵团都督马英集结了五个军近七万大军，于徐州誓师出征，沿着京杭大运河，以骑兵第六军、骑兵暂编第十四军为主力中军，以步兵第十一军为左翼、步兵暂编第十六军、暂编第十七军为右翼，水陆并进，铺天盖地席卷而来，瞬间占领了苏北全境，至三月中旬时，最前锋的骑兵部队，甚至已经开始窜扰到镇江府城，对驻扎在南京前线的台湾军的后勤补给线造成了严重威胁。
在这种近乎半包围的状态之下，战斗已经彻底失去了意义，即使台湾军能够击败当面的瑞克兵团，那也不能挽回局势了，于是，在马英的中原兵团还没有赶到战场位置之前，郑经果断下令全军撤退。
一六八九年四月初，台湾延平郡王所属四万大军沿着长江徐徐东撤，分别于镇江、苏州、通州登船，经上海县走海路撤出大陆，分两路返回台湾、福建。
讯息传出，整个江南一片沸腾，父老百姓奔走相告，千万人悬在胸腔的心脏落下地来，台湾郑经军的撤退，这就已经标志着江浙的和平，至少，长江中下游是再也不会发生大规模的战争了。
被世人遗忘在角落里的南京守军尴尬异常，随着近一年的战火岁月，南京城已经憔悴了很多，在战争之前，这里还是人口超过百万的大城，但是现在，全城百姓加上守城的军队，却连五十万人也不到了。
负责守卫南京的伪清部队大体上可以划分为三个部分，一部分是正儿八经的八旗部队，包括原本就守备江南的八旗驻军很自北方开来跟随简亲王喇布进攻吴三桂的京城旗兵，总兵力约莫一万六千人左右；另外一部分就是汉人伪军部队，这一部分军队人数不少，约莫三万四千人左右；最后剩下的一部分身份最为模糊，其中有汉人也有其他民族，正式的名称叫做“包衣”，是依附于八旗兵存在的奴隶部队，这一批伪军就感情上讲，比汉人伪军跟亲近八旗部队，而且地位也较之为高，其总兵力约莫三千多人。
这支总兵力约莫五万人的军队，就是清政权在中国南方地区唯一仅存的武装的力量了。和其他地方没有任何不同，在满清王朝分崩离析的最后关头，这支部队的战斗欲望和战斗意志也降低到了历史最低点。
从去年八月台湾军发动大陆攻势开始，当郑经统率大军进抵南京城下时，城内的伪清大军就立即开始了动摇和分化，其中隶属于简亲王喇布直接指挥的那一直八旗子弟兵主张坚决抵抗，提出“战至最后一兵一卒，以全大清之疆域、慰列祖列宗在天之灵”——这个主意在伪绿营汉军看来简直就是发疯：大清的疆域在哪里？！出了这道城门，外面还有大清的疆域么？至于什么“列祖列宗”大伙倒是非常熟悉，走出军营拐个弯，随便找个“专卖古玩字画”的铺面就能买到，从努尔哈赤开始直到康熙，一个不少，而且个个生动活泼，所以对他们要说“仰慕之心”那倒也不是没有，但要是为他们去和别人拼命，那就大可免了。
所以，在这种情况下，分裂是在所难免的，不过到了这个时候，倒也没有什么人想起去火拼，一个是因为双方彼此都拥有相当的实力，绿营伪军人数众多，八旗兵占据内城地形有力，若打起来说不准谁能占便宜；二个是汉军绿营伪军也不觉得简亲王的人头能给自己带来多大的好处，因为就目前的局势来看，和满清不共戴天恨得骨头发痒的是汉帝国的部队，台湾军虽然扛的旗号是“反清复明”，但也不见对清军有多大的恶感。
不过权力的分割是在所难免了，从去年八月中旬开始，双方就心照不宣的在南京城内划分了地盘，外城由绿营伪军把手，而内层以东城门的防御，由八旗兵防守；双方泾渭分明，而剩余的那支三千多人的包衣奴才军，就各自抱了条大腿充当墙头草的角色。
困守内城的简亲王喇布虽然名义上还是这支军队的最高统率，但实际上，他的命令，就连许多八旗兵也不太爱听了。
清帝国走到这一步，晚景空前凄凉。
但是，更令人怜悯的一幕就要到来了——如果在这场争夺长江中下游的战争中，台湾军能够获取胜利，那这支部队或许还能以伪军的身份继续存在下去，但现在围困南京的军队却是那支以屠杀八旗而著名的汉军。
据城内谣传，大汉帝国皇帝林风御驾已经到了城外，而且已经颁发了圣旨，此次大军攻城之后立即屠城，南京城不留一人一犬。
现在城内的汉军绿营兵是从全国各地抽调而来的部队，各自不相统属，原来在简亲王麾下时，倒也没出什么问题，但现在分裂之后，彼此的矛盾就立即爆发了，统率军队的将领品级大体上都差不多，所节制的军队也实力相当，所以在这个需要找出一个领头人来一同进退的时候，出现了不少麻烦。
经过一番激烈的明争暗斗，众人推选江宁将军张延钟为头领，之所以推举这个人站出来，也是经过了一番周折的，起初，大伙都觉得现在投诚是一件好事，因为就前面各地投降同僚的经验来看，投降就意味着官帽子，所以一旦投诚成功，那领头的人自然会分得一块大蛋糕；不过到了后来，等汉帝国皇帝御驾亲征的消息传到之后，大伙又忽然发现投降也似乎是件不容易的事情——要知道以汉军现在的实力，根本不屑于收编什么伪军了，而且现在还正是“御驾亲征”，谁知道对面的皇帝会不会借几个脑袋给江南人立威呢？！