兴国元年元月，虏以西征不利命多铎移兵陕西，时多铎既降许定国，全师已渡淮，闻命而返。二月二十三日，多铎兵迫潼关。帝原意以虏既入南省，四镇必力战，多铎兵未可即至，故悉锐北上，后闻以左良玉有东下意，马士英移黄得功、刘良佐御上游，故多铎进退无所阻碍，愕然。

刘芳亮守潼关十三日，以众寡不敌告帝，帝知陕西事不可为，乃命泽侯田见秀、义侯张鼐护太后高氏及眷属、辎重，道商洛入宛。而自与陈永福合，会宁夏、西宁、甘肃守军。

三月十二日，巫山伯马世耀战死，刘芳亮与袁宗第奔长安，潼关失守。三月十八日，多铎占长安。

四月，田见秀军与襄阳高一功合，从白旺谋，以经营荆襄逾二载，民心可用，乃集兵守襄阳，令张鼐东下武昌以为后距。时左良玉已死，子左梦庚自立，与张鼐战于荆河口，大败，乃与黄澍谋，以清君侧名东下避战，临去焚武昌。

帝西退河西收边兵，事机密，军中莫知所在，谣言蜂起。有太祖族弟李孜，貌与帝类，从征死，有献其首于虏帅阿济格者，阿济格以多铎后至而先入长安，心嫉之，又以枉道失期见责，遂以已获帝报虏庭。虏摄政王多尔衮乃命多铎自淮扬直趋南京，阿济格取中游。

五月，虏师抵邓州，高一功定策，弃襄阳城，伏兵荆山，而阿济格以天暑，无久留荆襄意，且急于下江南，乃命巡抚徐起元驻襄阳，自帅师自武昌趋九江，降左梦庚，及知多铎已渡江获福王，竟班师。

帝合河西诸守军，入汉中，欲顺汉水赴襄阳，而汉中贺珍等已变节降虏，帝连击破之，入蜀，自夔州沿江下，六月，至荆州，与田见秀、高一功诸军合，兵势复振。以兵多地少，颇艰于粮饷，乃命袁宗第自江陵渡江取常德，刘体纯自巴陵渡江取岳州。明将黄朝宣来敌，大破之，进迫长沙。以专力抗虏，从明湖广巡抚堵胤锡议，以澬水汨水为界息兵。

六月初五，虏庭下剃发令，天下骚然。江阴、嘉定、昆山等处士绅，率以此起兵。

闰六月，郑芝龙等立唐王聿键。

七月，复襄阳，杀徐起元，降王光泰。

十二月，围武昌，虏湖广总督佟养和求救于南京。陕西贺珍降虏后以不自安反，攻西安不克。

兴国二年正月，虏平南大将军勒克德浑溯江上，与战不利，解围。虏靖远大将军豪格统大军入陕西。

二月，虏陷岳州。袭虏偏师，杀奉国将军巴布泰。时起兵者虽众，皆旋被夷灭，覆军杀将者唯此。此后两军峙于德安、扬武间。

三月，豪格抵西安。命刘体纯入汉中援贺珍，珍以过往罪，不敢会。

五月，虏以蒙古事召还勒克德浑军，以勒克德浑久无功，夺其兵，而命多铎征蒙古。