英国于1939年9月3日11时对德宣战后的同一天，德国潜艇u—30把英客船“雅典娜”号误认为一艘部队运输船而击沉，这使英国痛切地感到，德国可能发动无限制的潜艇战。

虽然战争开始时，希特勒还严格限制过潜艇的使用，要求潜艇严格遵守捕获法规，无限制的作战还没有作为德国战略的一部分规定下来。但是，德国潜艇部队司令邓尼茨多年来却一直在秘密地准备着发动这样的突然事件。

英国海军部早已为应付战争的突然爆发制定好了计划，并远在宣战之前就开始采取了某些明智的行动。6月15日集结了预备队，8月24日命令舰队进入自己的作战区，并随即对英国的所有商船航运活动进行了控制，向各船长发布了关于他们应航行的航线的命令。

护航运输队系统已经建立。第一支近岸护航运输队于9月6日起航。紧接着，第一批驶往国外的护航运输队也于第二天起航。

从圣伊瓦乐和卡鲁彻里顿起飞的第217中队的“安桑”式飞机在西经12·5°至°15°之间，大约距爱尔兰以西15o至200海里的范围内，对护航运输队提供近距离的水面和空中护航。

这些船只要在护航队中航行两天多才分开向各自的目的地前进。到地中海和非洲去的船只在锡利群岛附近编成单独的护航运输队，由一艘远洋护航舰只进行护航，要航进到直布罗陀的护航舰只赶来迎接为止。

到9月底，正常的护航运输队系统已开始实行，驶回的护航运输队从哈利法克斯、直布罗陀和费里敦出发，而出航的则从利物浦和英国沿岸港口出发。由于缺少护航舰艇，在其它航线上仍采用规避航行。

丘吉尔在战前视察过波特兰，看过一次反潜演习，他指出：“应该把潜艇限制在远海海区，我们会有损失，但是潜艇决不会对形势起决走性作用。”战争头几个月所发生的事件，虽不能推翻丘吉尔的这个论点，但是谁能预料到德国会夺取法国比斯开湾内的港口，得到了通往大西洋护航运输队航线的捷径呢？

到1939年止，共有5756艘船只编入了护航运输队，仅有17艘被击沉，德国也损失了9艘潜艇。而单独航行的商船却有97艘被德国潜艇击沉。

在1940年7月至10月间，单独航行的商船有144艘被击沉，而编入护航运输的商船被击沉的仅73艘，德国还损失了6艘潜艇。这些数字证明了建立护航运输队系统是正确的，但是仍有人对此表示怀疑。

一种批评意见认为，护航运输队系统会使大量商船吨位滞留在港内，等待编成适当的护航运输队。还有一些人把护航运输队看作是单纯的防御手段，认为进攻的精神应该更多一点。这种意见造成的结果，是花费了大量时间和人力编成驱逐舰和航空母舰“搜索群”去搜索潜艇。这种方法早在第一次世界大战中就已证明是无效的。

护航运输队系统虽然再次证明不能有效地击沉潜艇，但是它却能迫使德国潜艇离开某巡逻区。令人奇怪的是，英国海军部已有了1917年至1918年的教训，却还要说服自己去组成这些“搜索群”，尤其是有一段时间，德国潜艇显然较少，未超过7艘，而且商船的损失也不太大，但还要用昂贵的舰队与航空母舰去执行这种没有多大价值的任务。

舰队中航空母舰特别容易遭到攻击，9月17日黄昏，“勇敢”号航空母舰上的飞机和4艘护卫舰中的2艘去搜索1艘德国潜艇。据报告，该潜艇准备攻击1艘商船。就在这时“勇敢”号航空母舰被德潜艇击沉。德潜艇虽遭到其余的护航艇只用大量深水炸弹进行攻击，但仅仅受到了来回震动，还是返回了基地。这是航空母舰在进行反潜巡逻时第二次遭受攻击。

9月14日，“皇家方舟”号航空母舰遭到u—39的攻击，u—39很快就被“福克纳”号、“火龙”号和“狐狸”号击沉。在那天傍晚，从“皇家方舟”号上起飞的第803中队3架“大鸥”式飞机在u—30潜舰下潜时，对它进行了攻击。

不巧反潜炸弹在空中提前爆炸，不但没有炸毁潜艇，反而炸掉了两架飞机。

这就是当时反潜武器效率低的一个明显例证。在这些事件之后，英国海军部再也不能无视航空母舰在反潜巡逻时受到的这些威胁了，于是决定搬走航空母舰，但是几个驱逐大队仍在海上进行了几个月的反潜巡逻。

在以后的18个月中，海军航空兵的飞机多次从岸上基地起飞进行反潜巡逻。