但是在这种情况下，桂系与孙派矛盾，势同水火，双方都想将对方赶出去，如此演变成更大的冲突。

国民党激进派玩弄民意，组织几个代表团到大元帅府状告桂系督军莫荣新，说什么莫荣新开设烟馆、赌局，征收苛捐助杂税，开得民不能聊生。广东人民非常怨恨，希望孙文可以严惩莫荣新。

要知道护法军政府到达广州后，那帮国会议员，那个不是自视清高，烟馆、赌局层出不穷。

而得到这个消息后，孙文以此为借口，1917年底决定以武力驱逐桂系督军，命令海军炮轰督军署所在地观音山。但是程璧光唯恐开罪桂系，拒绝执行，并把海军舰艇都调至黄埔，严加看管，以防孙文直接指挥海军。

不久，发生一桩大事，那就是海军打死了孙文侄子。

原来为了建立护法军政府，孙文子侄全部上阵，其侄子孙振兴从海外归来，积极帮助孙文招募军队。

孙文看到海军不听自己的，甚为恼火，让国民党激进派，侄子孙振兴大肆招兵买马，大概是认为，你们不服从我，是不是认为我力量弱，若是我兵力强大后，到时候看你还服不服气。

这日经过黄浦江，孙振兴运送新兵经过黄浦江的时候，被海军临检。

孙振兴仗着海军与自己叔父的良好关系，一副公子哥派头，如此之下，与海军发生对峙。

海军一些士兵气恼不过，开枪将孙振兴打死了。

听到这个消息，孙文当即咳血，声言孙振兴被杀，如此深仇大恨，必然要报（不知道后来程璧光被暗杀，是不是与这个有关。反正在程璧光被暗杀后，孙文说程璧光是烈士）

看到孙文与海军矛盾激化后，莫荣新感到万分高兴，立马准备报复了。

听闻孙文卫队中有人过去从匪，当即以孙文卫队通匪为名。1918年1月，莫荣新拘捕了大元帅府卫队十名新兵，枪毙连长、排长和卫兵多人。

正在会议室开会的孙文，听到这个消息后，悲愤得掉下眼泪：“莫荣新这贼人，杀害我多名同志。为了大局，我一直容忍着他，如今他却开始屠杀无辜良民，如果再不惩罚他，将会祸害无穷。”

鉴于上次没有指挥动海军，当夜十二点，孙文登上“同安号”军舰，向驻扎在观音山（今粤秀山）的莫荣新督署开炮。