双方第一次交锋，就体现在对孙文护法政府上面，冯国璋主和，而段祺瑞主张武力解决南北纠纷。

看到自己在北京成为傀儡后，冯国璋决定以发动对南方进攻为名南巡，逃往长江，指挥受自己控制的长江三督，以逃离段祺瑞的控制。

但是火车行驶到徐州，冯国璋被皖系军阀，安徽督军倪嗣冲所堵，被迫返回北京。

在这种情况下，冯段二人矛盾，更加明朗化了。

如此说来，孙文、宋教仁的内阁制，根本不适合于中国，请问又有谁愿意做一个傀儡，成为汉献帝？

北洋领袖袁世凯不愿意，要当一个比皇帝更有实权的大总统。

在北方无权无势的黎元洪不愿意，要做一个名副实际的大总统。

与段祺瑞有数十年兄弟交情的冯国璋，也为了权力，与段祺瑞成为生死对头。

如此看来，这种虚名化国家元首？又有谁愿意干呢？

除了段冯之间权力争夺外，对皖系利用直系军队打头阵的部署深为不满，正因此，直系前线将领王汝贤、范国璋二将在前线擅自停战撤兵，打乱了皖系夺取湖南的战略部署。

段祺瑞看到冯国璋不但要逃出自己控制，而且指挥前线直系将领纷纷罢兵言和，在这种情况下，以退为进，愤而向冯国璋提出辞职。

刚刚惊魂普定，回到北平的冯国璋一看，大喜过望。内心认为，看来现在段合肥服软了，不但批准了段祺瑞的辞职请求，索性暗示号称“长江三督”的湖北督军王占元、江西督军陈光远、江苏督军李纯于11月18日发表联名通电，主张南北双方罢兵休战，和平解决南北问题。

11月22日，借着长江三督的通电，冯国璋免去国务总理段祺瑞，任王士珍为国务总理，段祺瑞内阁再次倒台，直皖两系公开分裂。

25日冯国璋颁布南北停战令。此举在护法阵营内部引起不同的反响。

而在南方，孙文再次显得有点理想主义，始终坚持护法，反对南北调和，首先在11月18日发表对时局的声明：“舍恢复约法及旧国会外，断无磋商余地。”

而看到南北矛盾恢复到历史轨迹，杨兴感到恐惧。