令王瓒绪所部第1师驻防川东，监视吴光新部与鄂西靖国军战争。

留下刘湘率领4师驻防川南，防备云南唐继尧再次入侵。

令杨森所部川军第3师进入川西雅安，以援助驻藏军，保证臧边安全。

令钟体道所部第5师在完成整编后，返回川北。

令伍祥祯、李家钰率领川军第2师，驻防川中。

令原川军第2师师长孙兆鸾为川军副军长，对驻藏军进行整编，以巩固臧边。

在这次川滇战争中俘获的1万俘虏，包括滇军第3军参谋长杨杰，对愿意回到滇黔的，发放路费遣送回家，对希望留在部队的，通过考核择其优者编入一个独立旅，任命曾经在云南讲武堂学习的炮旅副旅长赖心辉为独立旅旅长，统领该部。

对其他不愿意回家，则予以淘汰，分别编入工程部队中，如此再次成立4个工程团，以在未来四川建设中，发挥骨干作用。

对杨杰，杨兴知道其军事造诣还是蛮深的，要知道三个半军事家之一，共产党战神刘伯承才仅仅算半个，对这种人才杨兴怎么可以放弃。

准备任命其为副参谋长，以培训军校学生。

但是让人感到奇怪的是，杨杰认为杨兴过去截获白银，在这次战斗中，使用了一些不正当手段，坚决不许。

没有办法，杨兴只好将其软禁在四川陆军军官学校，军校各书籍任其查阅，希望通过时间慢慢让其改变对杨兴固有看法。

令装备部部长潘文华兼任重庆建设督办，负责重庆地方建设。

在这些安排妥当后，11月份中旬杨兴率领教导旅、炮旅回到成都。

在回成都路上，杨兴收到一个坏消息，那就是北洋政府正式确定，停建川汉铁路。

在历史上，北洋政府交通部是在1917年5月份下令暂停川汉铁路修建，或者因为杨兴的突然崛起，或者因为北川铁路修建与陆续开通的刺激，这次北洋政府交通部将川汉铁路停建时间延后了4个月。