而袁世凯对冯国璋很不放心，便采取了严密的防范措施。

首先在冯国璋身边安置王子铭等人监视其行动；

又据传张勋曾接袁世凯一密电，谓冯国璋为人不可靠，嘱其就近监察。

不仅如此，袁世凯的死党上海镇抚总长郑汝成被刺后，袁又派其亲信杨善德率第四师移住上海监视冯国璋。

未几，又加派卢永祥率第十师驻吴淞，也为了防备冯国璋。

冯国璋见此情形，明白了袁世凯不再相信自己，从此与袁氏父子的关系逐渐疏远，不肯再为袁世凯卖力。

不久，袁氏父子指示江苏巡按使齐耀琳选举代表，举行改变国体投票。齐指派代表时，冯暗示督军署人员一律不当代表，不参加投票活动。

在举行投票那天，冯国璋托病不去；齐亲自到署劝请，他才勉强到场，然而却呆坐在那里，一言不发。12月18日，袁世凯任命冯国璋为参谋总长，急电催促进京就职。冯乃托词害病拒不进京，并策动江苏军民电请“挽留”，李纯等督军也致电主张留冯。袁世凯没办法，只得允他在南京“遥领”。然而，袁世凯仍不放心，一面派阮忠枢、荫昌等人赴宁继续催冯离宁北上，一面电令杨善德、卢永祥、倪嗣冲调兵控制长江下游。

12月25日，西南等地宣告云南独立，组织护国军，讨伐袁世凯。冯国璋鉴于全国讨袁运动兴起。也就不再装病了。一面收留梁启超，以与西南各地联络，一面协助护国军以攻击驻扎在两广地区的龙济光部。

而另一北洋大将段祺瑞，也已经与袁世凯貌合神离了。

1915年1月18日，日本向袁世凯提出“二十一条”，2月1日段祺瑞、冯国璋领衔十九省将军致电北洋政府表示反对，谓“有图破坏中国之完全者，必以死力拒之，中国虽弱，然国民将群起殉国”。

3月19日袁世凯召开对日会议，段祺瑞主张强硬。

5月2日，参谋总长黎元洪、陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄率三部之远赴关岳庙宣誓，以示军人忠诚卫国。

5月8日，内阁讨论日方关于要袁世凯签订“二十一条”的最后通牒，段祺瑞独持异议，主张动员军队，对日采取强硬态度，袁世凯决定屈从，30日段称病辞职，31日袁世凯以王士珍署理陆军部总长，并就段祺瑞养病下抚慰令注，段祺瑞给假两个月，隐居西山。

8月3日，因日本报纸谓段祺瑞与袁世凯将决裂，段通电辟谣，斥报纸挑拨离间。8月14日北京成立“筹安会”，段祺瑞对袁世凯帝制行为表示不满。

在8月份，段祺瑞在陆军部办公室被人安置炸弹，刺杀没有成功。段祺瑞当然认为是袁世凯想置自己于死地，从此不到陆军部上班。