另外商毅只是要求日本割让九州岛，而并没有向日本索要赔款的原因，一是在日本的战斗中，中华军也掠夺到了大量的财产，基本可以填平这次战事所花费的费用，毕竟这次中华军出动的兵力并不算多；二是中日重新开通了商贸来往之后，中国毎年都可以从日本获取大量的利润，官民都可获利，而如果让日本赔偿，获利的仅仅只是官方，对民间并没有什么好处，而且日本也赔不出多少钱来，相反还会弄得财力衰弱，影响了日本的购买力。做事情讲究细水长流，不做一杆子买卖；三是现在中国己经割让了本州岛，这就够说了，如果再要求日本赔偿，难免会进一步引发日本国内的不满，毕竟割让了本州岛，和众大名并没有太多的利害冲突，但赔偿则肯定是要摊到每一个大名的头上。这就会引发众怒了。
而中日条约签定了之后，接下来就是对日本各藩大名的重新分封和划分。
徳川家康在取得了日本的统治权之后，通过统计清算，将全日本的土地分为三千万石左右，最初一共分封了二百多个大名，但在德川幕府五十年的统治期间，又以或真或假的罪名，剥夺了其中绝大倍份大名的全部或部分领地，同时又新増了一百五十多个新的大名，使日本大名的总数维持在二百五十致二百八十个之间。其中有亲藩大名二十四个；谱代大名在一百五十个左右；外样大名在一百个左右。
而为了保证徳川幕府在日本的绝对实力和统治地位，属于幕府的直辖领地为六百八十万石，占到了全国总土地的二成强，和领地最的仙台藩六十二万石相比，也超过了十倍以上；其中有约四百二十万石归徳川幕府的直接收入，而二百六十万石分给了幕府的各旗本的知行所。而在当初丰臣秀吉的统治期间，直属于丰臣氏的领地也只有二百三十万石。因此这也是让不少人对徳川幕府不满的地方。因为幕府占有的土地越多，也就意味着其他大名能得到的土地就越少了。
整个分封计划是由商毅、丰臣薰和丰臣余众一起来制定的，而商毅也不打算改变日本这种封建联邦制度，因为让日本永远陷入这个的分邦状态，而不是一个中央集权的国家，对中国当然是最有利的。
现在徳川幕府消亡之后，丰臣幕府也正式成立，首先自然是先考虑丰臣幕府的直属领地，虽然很可能在相当长的一段时间里，征夷大将军的这个位置都将是空缺的，但丰臣幕府的领地，和制度还是要先确定下来。
商毅和众人商议确定，丰臣幕府的都城将仍然设在大阪，而直属领地包括以大阪和江户为中心的两块地方，总计约为三百万石。虽然比丰臣秀吉时候要少，但和徳川幕府相比，却不足一半。
一方面是因为现在且本将九州岛己经割让给了中国，这一下子就差不多把日本的土地砍去了三百多万石。因此还像德川幕府那样，占有那么多的土地，剩下的土地可就不够分了。
而在另一方面，商毅也不希望让丰臣幕府在日本过于的强势了。尽管未来的丰臣幕府将由自己的子孙继承，但商毅也知道，无论在什么时候，只有血源、亲情是靠不住的，看看毛利两川的结果就知道了，一来是各自有各自的利益，而且随着时间的推移，这种血源亲情终究也会越来越疏远，因此不能让丰臣幕府在日本过于强势，只有这样，丰臣幕府想到在日本保持着自己统治地位，就只能在政治上依靠中国，永远无法摆脱对中国的依附。当然也不能让丰臣幕府太弱了，否则在日本就控制不住局面，罩不住场子。
对于这一点，丰臣薰并没有意见，毕竟三百万石也已经不少了，而且毕竟丰臣氏是依靠外力取得的日本统治权，不仅需要中国的扶植，也同样需要在日本争取到更多的人心，因此大幅削减自已的土地，将这些土地都让给其他的大名，也是一种争取人心，稳定丰臣幕府统治的方式。
而对日本其他的大名，丰臣幕府也不搞什么亲藩大名、谱代大名之类的分别，因为现在丰臣氏的继承人都还没有产生，那来的亲藩大名呢？而且丰臣佘众一共才五六十人，就是全封了谱代大名，也只有徳川幕府的三分之一左右，也没多大意思，因此干脆就不搞这些，一视同仁，也可以体现丰臣幕府的新气像。另外这也是让丰臣幕府必领依附于中国，才能保持住自己在日本的地位。
在其他大名的分封自然是论功行赏中，几个倒幕的主力大藩都获得了十分丰厚的奖励，长州藩大名毛利广纲保持不变，领地由三十九万石増加到六十万石，虽然还赶不上当年一百二十万石的盛况，但也成为丰臣幕府中最大的大名。锅岛胜茂由佐贺藩改领加贺藩，领地由三十五石増加刻五十六万石，有马忠赖由久留米藩改领冈琦藩，领地由二十一万石，増加到四十五万石。也都是大大扩张了自己的力量。
而丰臣余众也同样获得了极为丰厚的封赏，大野殿守是丰臣佘众的骨干，被封为尾张藩大名，领地五十八万石，内藤昌丰封为彦根藩大名，领地五十三万石；甚助卫门封为福知山藩大名，领地五十万石；石田吉左封为松江藩大名，领地四十三万石；高坂源五郎封为足守藩大名，领地三十八万石。水野蕂九郎封为广岛藩大名，领地三十二万石、山元十兵卫封为丰冈藩大名，领地二十八万石。
同时以上十个人，也出任现在丰臣幕府的代理大臣，在丰臣幕府的继承人还没有产生的时候，就由他们一起付责主持丰臣幕府、仍致整个日本的政务。而在丰臣幕府的继承人到位之后，也由他们来扶持一段时间辅政。因此至少在二十年左右的时间里，日本的局势都是由这十个人把持。
这十个人中，有七个都丰臣余众，而另三人是倒幕的主力，也是和中国走得最近的，因此把日本的行政事务交给他们，也能让人放心。