井伊直孝等几员主将都有战马，因此逃跑的速度也比其他士兵快，这时己经率先逃进了彦根城里。井伊直孝留下松平赖常、稻叶正则在城门口，紧急招呼败军赶快进城，自己和松平纲隆则马上在城墙上布置防守，虽然他们心里都知道，彦根城估计是守不住了，但也不能就这么将彦根城拱手让给中华军，那怕是只坚守住一天，也就好的，也算是对得起徳川幕府了。

但等井伊直孝、松平纲隆登上城墙之后才发现，虽然幕府军还有大部都在城外，但有不少中华军己经冲入了幕府军的阵式，正向彦根城的方向冲杀过来，其中有几个中华军的小组离彦根城的吊桥已不足五十米远的距离，看来中华军并不是完全在追击幕府军，而打箅趁着追击咐势头，好一举攻占彦根城。

虽然这时松平赖常、稻叶正则都在吊桥上，不断的招呼催促着败早赶快进城，同时也组织兵力，去阻挡中华军的突进，但城门、吊桥才多大的地方，想要一下把败军都放进城里来，根本就不可能，而且中华军现在士气高旺，火枪射击加手榴弹炸的战木，也根本不是幕府军能够阻挡得住的，结果不一会儿的功夫，就有两支中华军的小组己经击退了阻截的幕府军，离吊桥己不足二十米远了。几乎是抬足就可以杀到吊桥来，有几名守在吊桥上的幕府军士兵都被中华军用火枪击中，一头栽倒进了护城河里。

井伊直孝见了，也知道情况不妙，如果再不当机立断，中华军就可以冲进彦根城了，尽管这时还有大量的幕府士兵还没有进城，但也没有别的办法，因此只好下令，让松平赖常、稻叶正则都退进彦根城里来，然后扯起吊桥，关闭城门。

随着吊桥的拉起，有一些还在吊桥也抵挡中华军进攻的幕府军士兵也慌了手脚，有些人因为分心，而被中华军杀死；也有人及时撤退，在吊桥离地面尚不高时，抢着跳上了吊桥，得以逃脱；还有几名士兵虽然来不及跳上吊桥，但也紧紧拉住了吊板的前沿，被带着升离了地面；但更多的都是来不及撤退，只能看着升起的吊桥，向彦根城里又跳又骂，大叫着要求把吊桥再放下来。

不过毎一个士兵都知道，吊桥一但拉起，当然是不可能再放下来了，而且中华军也从背后冲杀了上来，因此也有士兵跳入护城河里，向对岸游了过来。反正吊桥虽然扯赶来，但城门并没有关门，只要是游到了对岸，仍然可以进城保命。而也有士兵顺着护城河逃跑。

而就在吊桥尚未完全拉起，有一个中华军的战斗小组就己经冲到护城河边，不过这时吊桥己离城一丈多高，就晚了这么一步。

井伊直孝看着城外被中华军追杀着四处逃窜的幕府军，心里也十分不好受，不过不管怎么说，总算是及时拉起了吊桥，没让中华军杀进彦根城里。而查点人马，在他们出战的时候，在彦根城里还留下了五千多人驻守，而现在全部加起来，城里的守军只有九千三百多人。

彦根城的吊桥拉起，城门也关闭了，其他被关在城外的幕府军士兵也只好纷纷四散败逃，但中华军追击很急，于是也有不少士兵都只得向中华军投降。

其实双方的战斗用时还不到两个小时，但清理战场，收剿败军，却用了两个多小时，一上午的时间，整个战争也基本结束，虽然这时最后的战果还没有统计出来，但仅中华军抓获的俘虏，就超过了万人。当然也有相当一部份败军绕过了彦根城，逃进了东部地区的山区里。

而商毅接着下令，再接再厉，不要给敌人以喘息之机，立刻对彦根城发动进攻，等一举攻破彦根城之后，再清理战场，统计最后的战果。

成进接令之后，立刻下令，运来重型火炮，在彦根城前列好，对着彦根城进行猛烈的轰击，又命火枪兵靠近城墙，向城头开枪射击，同时又派出工程兵，马上去填埋护城河，为爆破组清空道路。

随着重型火炮开火轰击，火枪兵射击，彦根城上的守军也被打得连头都抬不起来，而工程兵也立刻出动，开始填埋护城河。因为时间里急，现挖泥砂都来不及了，只好就地取材，反正现在满战场都是尸体没清，干脆就来个废物利用吧，因此工程兵们纷纷将幕府士兵的尸体扔进护城河里，为爆破组辅平道路。当然在混乱当中，也不可能分得仔细，有一些重伤未死的幕府士兵也都被当做尸体，扔进护城河里，其中还夹杂着几名躲在尸体中装死的幕府士兵。这个时候才不管呢？

结果经过了一个多小时的工作，在彦根城的护城河里，用幕府士兵的尸体和泥砂混合，再铺上木板，终于辅出了三条道路，随后爆破组立刻跟进，对彦根城进行爆破。

“轰”的一声巨响，彦根城的城墙升起了巨大的烟雾火焰，城墙被炸开了一个十几米宽的大缺口，中华军的士兵立刻向彦根城发动了全面进攻，从炸开的缺口处杀进了彦根城里。

这时彦根城里虽然还有八九千士兵，但经过了城外一战之后，早己经军心涣散，如果城墙不失，还免强能够撑得住，现在城墙被炸开，中华军的士兵冲杀进彦根城里，任谁也无心与中华军交战，还不等主将下令，就纷纷溃散，从其他的城门逃出了彦根城。也有一部份没有及时逃出的士兵，向中华军投降。