而这时段鹏和李牟才意识到事情的严重性，想不到吴三桂的临死挣扎还颇有作用，看来在任何时候都不能小视了对手，而现在如果不尽快对川军的袭击队伍进行有效的打击，四川的局面就很有可能失控。因此段鹏和李牟也招集众将，商议对策。并且制定出几条应对措施。
首先针对川军袭击村镇、滥杀无辜的行为，大力宣传吴三桂和川军的残暴和凶狠形像，把百姓的怨气和注意力都转移到川军身上，并尽力树立中华军是努力保护百姓的形像，毕竟杀人放火的是川军而不是中华军，因此中华军必须在舆论和道义上先抢占住至高点，而这一点是致关重要的。
其次是下令全川地区进行严戒控制，所有州城府县卫所堡，只要是有城墙的地区，都要关闭城门，限时出入，并且严加防守，由其是在夜间，一定要提高警惕。因为从这段时间掌握的情况来看，川军的袭击队伍基本都是以轻武器为主，一但严守城墙，川军就没办法攻入了。而重的地段，补给点、运粮队都要加强保护的兵力，这样就能限制川军的突袭成功率，减少损失。
当然最关建的事情还是要对川军的袭击队伍进行有效的打击，这样才能从根本上解决问题。因此段鹏和李牟决定暂时停止对成都的进攻，只是封锁住成都的各条出路，首先把大部份精力都放在打击川军的袭击队伍上。而这个任务则主要是交给由特种兵来完成。因为论在野外生存作战的能力，特种兵要远远高于其他的部队现在入川的中华军部队里只有一个特种兵师，是隶属于南京军区的特种兵师，在中华军的五个军区里面，南京军区的实力仅强于江西军区，但如果论特种兵师的实力，南京军区的特种兵师绝对公认排名第一，因为南京军区的司令部成员都是特种兵出身，在清军第二次南征的时候，就在突袭仙霞关天险这样的骄人战绩。而这一次入川作战，也是南京军区的特种兵师从黔江一带地区突袭得手，打开了局面。因此由南京军区特种兵师付责这项任务，是最合适的部队。段鹏本来就是特种兵出身，这次川军釆用的突袭战术，其实就是一种类似于特种兵作战的战术，而中华军侧以正宗特种兵出战，迎战川军的山寨特种兵。
于是段鹏也下令，将特种兵师也分散成以连为单位，潜入各深山老林里，围剿川军的突袭军队。同时下令其他各部队，将后填弹式迅射枪都让出来，交给特种兵师使用，因为在山林中作战，距离非常重要因素，火枪射击的速度才是首要的，因此迅射枪虽然射程短，但更适合于山林作战。另外为了减轻士兵的负担，提高部队的速度，所有士兵都不穿铁用背心，只带一顶头盔，除了必要的弹药和干粮之外，每人只带四颗手榴弹。
而特种兵的补给只能是就取得，同时段鹏和李牟又下令，特种兵所到之处，四川各地的川城府县，对特种兵师都要尽力接待，满足他们的补给要求。
当然在准备这些工作的时候，两人也将现在四川的情况和应对的策略传回到了南京。请求统战部能够批准这一作战计划。
报告传回南京之后，又引起了一番争议，有一部份官员又重新提出招降吴三桂，适当还是可以让给他一些优惠的条件。
因为现在眼看着商毅的称帝大典就要举行了，南京上上下下都在积极的准备，大多数的官员都认为最好是能够在大典举行之前结束四川的战斗，彻底平定南方，这样也可以为商毅的称帝典礼増添光彩。而四川现在的局势十分混乱，在短时间内战事是难以结束的，因此不如再改回到招降的路子，相信吴三桂也不会不识趣，搬来梯子硬不下墙。早一点结束了四川的战事，也好安心的举行商毅的称帝典礼。
当然也有一部官员是从纯利益角度出发，因为目前情况看，四川的战事比以前预料的要困难得多，虽然说中华军最后还是可以取胜，但付出的成本代价，人力物力远比招降吴三桂要大得多，而且现在大西军己经投降了，云南也收复了，因此不如适当让出一些条件，招降吴三桂，收复四川，也可以省去许多不必要的消耗。
其实商毅对四川战事的变化也有些意外，原来确实觉得平定四川也费不了多大气力了，没想到吴三桂在临地前还要蹬蹬腿，采用这种后世的恐怖主义类似的战术，来做垂死挣扎。
但在这个时候，商毅是坚决反对与吴三桂妥协的。商毅在后世是特种兵出身，基本都是参与和恐怖份子的战斗，反恐战斗，在后世是一个各国都面对的共同课题，各国都有自己的一套反恐战术，但有一点基本是公认的，就是不是万不得己的时候，绝不能与恐怖份子妥协，答应恐怖份子的条件，因为这样做只能助长恐怖份子的气焰，下一次的恐怖行动会更加凶狠，而胃口也会更大。
因此在后世的反恐战斗中，绝大部份国家都会冒着人质受伤害的危险，也会选择战斗，而不是妥协，当然答应恐怖份子要求的国家，也不是没有，但并不多。
这一次商毅面临的局面和反恐战斗差不多，其实吴三桂就是采用类似恐怖袭击的战术，迫使南京政府让步。而在这种情况下，如果南京政府妥协，只会助长吴三桂的气焰，就算最终招降了吴三桂，恐怕他也不会老实，同时也会让其他的野心者看到希望和制约南京政府的办法，因此这一次那怕是付出比较大的代价，也绝对不能让步。
而对自己的称帝大典会产生影响，商毅更是认为是无稽之谈，在来到这个时代之前，商毅对一些什么献礼工程、庆典工程，提前多少多少时间完成工程十分厌恶，任何事情都有自已的规律和周期，强行提前，带来的就是质量问题，工程是如此，战争更是如此。有时越是想尽快结束战斗，反而越是导致局面恶化。