这样一来，中华军在湖南西南的危胁也解除，罗远斌也率领中路的人马出击，第二军首先攻占了贵州黎平府。由于川军撤退，永历朝廷的西北边境也出现了一个大空档，中华军攻占了黎平府之后，立刻挥兵南下，进入广西境内，先取怀远，然后沿融江南下，直取柳州。

柳州位于桂州府的西侧，一但失守桂林府也难以保全，因此永历朝廷的都师何腾蛟闻讯之后，急忙调动大军，奔赴柳州迎击中华军，自己坐镇融县指挥，双方在柳州府的北部地区，展开激战。

永历军的人马达到六万，而中华军第二军只有一个师两个旅，总兵力只有二万五千多人，双方沿着融水，一路激战，但永历军根本就不是中华军的对手，被中华军打得落花流水，连败三阵，人马向南溃败不止。何腾蛟在融县收容败军，打算在融县驻守，以抵挡中华军的进攻。但中华军杀到融县之后，永历军的各路人马跟本不敢和中华军交战，纷纷向其他地方逃跑，转眼之间，何腾蛟手下只剩两千余人。

而何腾蛟也不敢在融县驻守，只好也放弃了融县，到回到桂林。

那知就在中华军的第二军进攻柳州的时候，第十三军也从永州出兵，直取桂林。由于何腾蛟将兵力都调去守卫柳州，桂林一带兵力空虚，中华军一路兵不血刃，连取全州、兴安，灵州，兵锋直逼桂林，己不足三十里。

这时桂林举城震惊，永历朝廷的文武大臣也乱成一团，两位执政大臣丁时魁、瞿式耜也都手足无措。朱由榔不敢在桂林久留，立刻由马吉翔和陈邦傅、太监庞天寿等人保护，弃城而逃。丁时魁、瞿式耜等大臣得知以后，朱由榔早已逃出了桂林城，一路向南而去。而中华军已经到达了桂林城前。

这时何腾蛟刚好也赶回了桂林，得知朱由概己经和马吉翔、陈邦傅、太监庞天寿等人弃城而逃，也不禁又急又气，但这时中华军己经杀到桂林城下，何滕蛟也只得下令人马拒守城池。

而中华军随即对桂林城展开了猛攻，不到一个时辰，就用火炮轰开了桂林的城门，杀入桂林城中，永历朝中的大臣瞿式耜、何腾蛟、张孝起、李用楫，等人都因为逃跑不及，被中华军俘虏，而王化澄、朱天麟、袁彭年、吴贞毓、丁时魁、蒙正发、刘湘客等人在乱军中逃脱，各自分散。

朱由榔逃出桂州之后，本打算逃到柳州去找何腾蛟，那知到了柳州之后才知道何腾蛟己经被中华军击败，回桂林去了，这时攻入柳州的中华军已经占领了融县，继续向柳州进攻。朱由榔不敢在柳州停留，立刻又放弃了柳州，一路向西逃窜，狂奔了千余里，一直逃到了贵州省南部的镇宁州才算是收住了脚。而把整个广西省，全部都扔给了中华军。

在右路，中华军的进攻也同样十分顺利，因为浙江、福建边境的重要关益仙霞关一直都被中华军占着，而出了仙霞关，一直到福州，都无险可守。

因此中华军由仙霞关出兵，首先攻占了建守府，逼进福州，而驻守在澎湖列岛的第七军和第四分舰队也扬帆出兵，攻占了福州府东南的海坛山，水陆两路，共同出击，对福州形成了夹击之势。

本来在南明向南京发动全面进攻的时候，绍武朝廷派大将金声桓，尚之言合军出击，进攻郑成功的彰州、泉州两地，并且攻占了彰州府，随后又向泉州府发动进攻。

但就在这时郑成功早己回师到了泉州，率军与金声桓、尚之信展开了大战。郑军的实力虽然不及中华军，但也经过了郑成功十分严格的训练，另外也配备了大量的火器，而且又经过了中原大战的煅炼，比金声桓、尚之信之流还是要强得多，而且这时郑军心里都充满了愤概，自己在前方抗清，却被同伴偷袭了老窝，任谁心里都有火，因此双方在泉州府安溪县一带布阵大战，郑军十分骁勇，将金声桓、尚之信联军杀得大败，当阵斩首万佘人，俘虏了六千余人。部下的大将王得臣也被郑军俘虏，幸好是金声桓、尚之信见势不妙，换上士卒的服装，才逃出了一命。

随后郑成功又趁胜进军，收复了彰州。金声桓逃到廷平府，而尚之信逃回到广东程乡县驻扎。而郑成功还不解气，将俘虏的王得臣等十三名军官斩首，又向绍武朝廷上疏质问，为什么趁自己北上抗清时，却派兵袭击自己的驻地。

绍武朝廷接到郑成功的上疏之后，也无语以对，虽然以苏观生为首的大臣还在叫嚷举兵再攻泉州，但朱聿鐭总算还清醒一点，既然郑成功向自己上疏质问，就表示他还不愿和绍武朝廷彻底决裂，如果自己再发兵去进攻泉州，那就是彻底把郑成功逼反了，而且现在自己那还有人马去进攻郑成功呢，因此只好派人到泉州安抚郑成功，并且把一切都推到金声桓身上。